(H/F) Contrat Doctoral Physicochimie interface ADN / argile - Étude des mécanismes de stabilisation de

Sujet de thèse :
Offre de thèse (PhD) : Étude des mécanismes de stabilisation de l’ADN environnemental au sein de systèmes terrestres reconstruits

Résumé
Le projet de doctorat s’insère dans le cadre de l’ANR ClayMED, un projet ambitieux porté par un consortium pluri et multidisciplinaire associant l’IC2MP à Poitiers, l’ICGM à Montpellier et le LIEC à Nancy. L'objectif est d'élucider les mécanismes physico-chimiques qui régissent la persistance de l’ADN environnemental (ADNe) au sein des matrices minérales. Plutôt que d'étudier des échantillons naturels bruts, le projet repose sur la reconstruction d'environnements terrestres modèles afin d'identifier les paramètres clés, tels que la nature des argiles, la chimie des eaux et les effets de confinement, qui favorisent la préservation de l'information génétique sur de longues échelles de temps. En s'appuyant sur des techniques de caractérisation de pointe et la modélisation, cette thèse vise à transformer la compréhension de ces mécanismes en un levier concret pour le développement de méthodes d’extraction originales. Ces nouvelles méthodes devront permettre une récupération quantitative et sélective de l'ADNe tout en garantissant une qualité optimale des molécules extraites, notamment en termes d'intégrité et d'absence d'inhibiteurs, condition indispensable à la réussite des étapes ultérieures d’amplification par PCR et de séquençage pour la reconstruction des écosystèmes.

Contexte et problématique
Le déclin rapide et continu de la biodiversité terrestre constitue l'un des enjeux les plus pressants de notre époque. Les évaluations récentes indiquent que jusqu'à un million d'espèces sont menacées d'extinction d'ici quelques décennies, à un rythme des dizaines, voire des centaines de fois supérieur au taux d'extinction naturel. Cette crise est alimentée par les perturbations anthropiques telles que la destruction des habitats, le changement climatique, la pollution et la surexploitation, entraînant un appauvrissement généralisé de la flore et de la faune sauvages. Ces pertes menacent des services écosystémiques essentiels comme la pollinisation, la purification de l'eau et la séquestration du carbone, qui sont les piliers de nos civilisations et de nos systèmes économiques. Un obstacle majeur à la résolution de cette crise réside dans le manque persistant de connaissances sur l'état, la distribution spatiale et l'évolution historique de la biodiversité lors des changements climatiques passés. Ce déficit de compréhension est particulièrement marqué dans les écosystèmes où le suivi a historiquement été limité. Si les méthodes traditionnelles d'évaluation de la biodiversité sont précieuses, elles ne fournissent souvent que des clichés incomplets et peinent à capturer les espèces cryptiques ou les changements rapides au sein des communautés. Dans ce contexte, l'ADN environnemental est apparu comme un outil révolutionnaire capable de créer une empreint
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