Ingénieur d'études en techniques biologique (H/F)

Missions :
La personne recrutée contribuera à deux projets de recherche financés par des contrats ANR.
Le premier projet, déjà en cours, vise à caractériser le rôle de quelques protéines NAPs (Nucleoid Associated Proteins) dans l’organisation et la dynamique du nucléoïde chez la bactérie Deinococcus radiodurans, aussi bien en conditions normales de croissance qu’après exposition des cellules à différents stress.
Pour atteindre cet objectif, plusieurs approches complémentaires seront mises en œuvre : 1) Établir des cartes Hi-C chez des souches mutantes affectées pour chacune d’une de ces protéines afin d’analyser leur impact sur l’architecture chromosomique. 2) Coupler ces analyses à des expériences de RNA-seq afin de déterminer les conséquences des modifications de structure du nucléoïde sur l’expression génique. 3) Marquer spécifiquement les origines de réplication et/ou les régions terminales des deux chromosomes de D. radiodurans à l’aide de systèmes hétérologues ParB/parS, afin de suivre par microscopie à fluorescence la dynamique et le positionnement de ces chromosomes au sein de la cellule.

Plusieurs de ces approches seront réalisées en collaboration avec les partenaires du projet ANR, situés à l’Institut Pasteur et l’IBS de Grenoble. L’ensemble des expériences sera conduit après exposition des cellules à des irradiations UV, les analyses en conditions normales de croissance ayant, pour la plupart, déjà été réalisées.

Le second projet, financé par un autre contrat ANR récemment obtenu, a pour objectif de caractériser le rôle de différentes protéines impliquées dans la réparation des dommages à l’ADN induits par divers stress, notamment les irradiations UV et le stress oxydant. Pour cela, plusieurs approches complémentaires seront développées :1) Construire des banques CPD-seq et 8-oxoG-seq permettant de cartographier avec précision la localisation des dommages à l’ADN à l’échelle du génome. 2) Identifier, par des expériences de ChIP-seq, les sites de liaison génomiques de différentes protéines de réparation afin de déterminer celles impliquées dans la prise en charge de lésions de nature distincte. 3) Réaliser ces analyses au cours de cinétiques de réparation de l’ADN, dans une souche sauvage ainsi que dans différents mutants affectés dans les voies de réparation.

Dans le cadre de ces deux projets, et en fonction des résultats obtenus, la construction de mutants ciblant des gènes d’intérêt pourra être nécessaire. L’ensemble des techniques requises pour la réalisation de ces travaux est maîtrisé au sein du laboratoire.

Activités :
L'ingénieur sera encadré par un Professeur responsable de l'équipe. Ses activités seront, par rapport au projet scientifique, décrites dans les missions suivantes :
- Définir un ensemble cohérent de techniques de la biologie nécessaires à la réalisation expérimentale d'un projet
- Concevoir le développement et conduire la réalisation du projet dans un domai
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