Ingénieur de Recherche en Bioinformatique (H/F)

Missions :
Intégrée à une équipe de recherche, la personne recrutée aura pour mission principale de déterminer les perturbations post-transcriptionnelles induites par des mutations dans l’hélicase DDX6 dans les cellules humaines. Elle analysera des jeux de données RNAseq obtenus à partir d’ARN total et polysomal pour identifier les transcrits dérégulés au niveau stabilité et/ou traduction, déterminer les caractéristiques de ces ARN, et proposer les voies de régulation perturbées. Elle proposera et mettra en oeuvre des stratégies permettant l’analyse bioinformatique des isoformes d’ARN dans ces jeux de données, dans un cadre collaboratif.
Activités :
- Traitement et contrôle qualité des données RNA-seq
- Analyses différentielles et fonctionnelles
- Intégration fonctionnelle des jeux de données entre eux et avec des jeux de données publiés
- Recherche d’outils d’analyse adaptés aux différentes questions des projets
- Développement et optimisation de pipelines
- Interprétation biologique en lien avec les biologistes de l’équipe
- Veille de la littérature scientifique sur les sujets d'étude
- Participation active aux réunions d'équipe et d’unité, éventuellement en anglais
- Echanges en partie autonomes avec les collaborateurs extérieurs à l’équipe
Contexte de travail :
La personne recrutée exercera son activité dans l'équipe « mRNP et condensats » dirigée par Dominique Weil, au Laboratoire Développement, Adaptation et Vieillissement (UMR8263, unité mixte CNRS-Inserm-Sorbonne Université) à l'Institut de Biologie Paris Seine (IBPS). Ce laboratoire est situé sur le campus Pierre et Marie Curie de Sorbonne Université.
Le poste est financé par l’ANR dans le cadre d'un projet visant à comprendre le rôle de l’hélicase DDX6 et de condensats d’ARN et protéines (P-bodies) dans le neurodéveloppement. Des mutations de cette hélicase sont responsables d’une maladie neurodéveloppementale associée à un déficit de P-bodies. L’équipe travaille sur des modèles de cellules humaines. Une partie du projet porte sur l’analyse des ARN de P-bodies purifiés, une autre sur l’analyse du transcriptome et du translatome de cellules dans lesquelles les mutations des patients ont été introduites. Composée de biologistes, l’équipe comprend quatre chercheuses et enseignants-chercheurs, une ingénieure d’étude, un post-doctorant et une doctorante. La personne recrutée travaillera en collaboration étroite avec le post-doctorant et les chercheurs associés à cet axe de recherche.