Ingénieur de Recherche H/F - Développement et déploiement de modèles pronostiques par IA pour les malad
Référence : UMR5220-CARLAR-006
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
- Localisation : 69621 VILLEURBANNE (France)
Partager la page
Veuillez pour partager sur Facebook, Twitter et LinkedIn.
- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
-
Nature du contrat
CDD d'1 an
- Expérience souhaitée Non renseigné
-
Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels à partir de 3071 euros bruts mensuels selon expérience € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Missions :
Le projet BrainTwin vise à des développer des modèles pronostiques basés sur des techniques avancées d’intelligence artificielle (IA) permettant de fusionner de données multimodales hétérogènes telles que des données de neuro-imagerie, d’histopathologie ainsi que des données cliniques et omiques. L’objectif est de pouvoir personnaliser les traitements médicaux, en particulier pour des conditions complexes comme les tumeurs cérébrales, ou les maladies neurovasculaires, telles que l’AVC (accident vasculaire cérébrales) ou les maladies des petits vaisseaux (SVD). Le développement et le déploiement de modèles d’IA reproductibles et fiables à grande échelle nécessite de s’appuyer sur des outils de pré-traitement de ces grandes bases de données, pour les rendre plus fiables et comparables, en particulier les images qui proviennent souvent de centres, d'appareils et de protocoles différents : ces variations peuvent masquer des informations médicales utiles, fragiliser les analyses et limiter la généralisation des modèles d'IA.
Dans ce contexte la mission de la personne recrutée s’organisera autour de quatre axes principaux.
La personne recrutée contribuera à développer et déployer une chaîne de traitement des données de neuroimagerie, intégrant d’une part les pré-traitements classiques telles que le recalage entre modalités d’imagerie et/ou sur un atlas, la segmentation de structures cérébrales, etc, mais aussi des outils de contrôle qualité (eg détection de données outliers) et d'harmonisation des données. Le travail portera principalement sur la sélection, l'intégration et l'évaluation de solutions existantes, dont certaines basées IA et développées au laboratoire, plutôt que sur le développement de méthodes entièrement nouvelles. Cette chaîne de traitement devra permettre de repérer les données ou traitements problématiques, de réduire les différences liées aux conditions d'acquisition et de préparer des jeux de données fiables pour les études ultérieures.
Le deuxième axe concernera l’intégration à cette chaîne de traitement de modèles par IA de détection et segmentation des lésions cérébrales. Le laboratoire CREATIS et les partenaires du projet BrainTwin ont développé plusieurs méthodes basées IA pour cette tâche, d’autres modèles sont également disponibles dans la littérature. Une première sélection basée sur l’adéquation aux spécificités des lésions neurovasculaires permettra de retenir et d’intégrer à la chaîne de traitement un nombre plus restreint de méthodes.
L’extraction de la charge et des caractéristiques lésionnelles permettra d’estimer des biomarqueurs d’imagerie, qui seront ensuite combinés aux autres sources de données dans le cadre de modèles pronostiques par IA. Le travail de la personne recrutée sur ce troisième axe, sera d’intégrer des outils actuellement en cours de développement au laboratoire, mais aussi de proposer, des axes d’amélioration, soit au sein des modèl
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...
Profil recherché
Competences :
• Formation en informatique, science des données, avec une spécialisation en traitement de données de neuroimagerie.
• Maîtrise de Python, Linux, Git et des pratiques de développement collaboratif.
• Une première expérience en gestion et manipulation de logiciels de recherche pour l’analyse de données médicales (y compris image) dans un contexte de recherche pluridisciplinaire est requise.
• Une première expérience en calcul haute performance et conteneurisation constitue un atout.
• Capacité à analyser la littérature, à évaluer des outils disponibles et à les transformer en solutions utilisables par une équipe de recherche.
• Rigueur, autonomie, qualité de documentation et aptitude à travailler avec chercheur·ses, ingénieur·es et doctorant·es dans un contexte multidisciplinaire
Une présélection sera réalisée sur la base du CV, de l’expérience, des compétences et de la lettre de motivation. Les candidats présélectionnés seront convoqués pour une audition.
Les candidatures doivent comprendre les documents suivants :
• Un Curriculum Vitae complet,
• Une lettre de motivation, exposant les intérêts de recherche du candidat en lien avec le projet,
• Le contact d'une ou deux personnes référentes,
• Si possible, une ou deux lettres de recommandation,
• Les relevés de notes de Master (M1 et M2) ou équivalent, ainsi que tout certificat pertinent.
Contraintes et risques :
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
- Spécialisation Informatique, traitement de l'information, réseau de transmission des données
Langues
- Français Seuil
Qui sommes-nous ?
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.
Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.
Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
À propos de l'offre
-
Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
-
Vacant
-
Responsable du système d'information « métier »
