Ingénieur de recherche (H/F) : Holographie numérique pour étudier la physique de la formation des biofi

Missions :
Le projet vise à étudier la physique de la motilité bactérienne et de la formation des biofilms par une approche de biophysique expérimentale.
La personne recrutée jouera un rôle moteur dans le développement, l'intégration, la validation et l'utilisation d'une plateforme de microscopie optique sur mesure combinant holographie numérique en ligne, microscopie à nappe de lumière, microscopie de fluorescence et analyse quantitative d'images.
Activités :
• holographie numérique en ligne et reconstruction numérique des hologrammes ;
• microscopie à nappe de lumière, microscopie TIRF et microscopie de fluorescence ;
• traduction des besoins scientifiques en spécifications techniques et en stratégies expérimentales ;
• pilotage de la conception, de la construction, de l’alignement, de la caractérisation, de la validation des performances et du dépannage de microscopes ;
• définition, développement, validation et maintenance de chaînes d'acquisition et d'analyse expérimentales ;
• analyse d'images, suivi de particules, analyse de séries temporelles et analyse quantitative de données ;
• programmation, principalement en Python ;
• utilisation d'outils d'apprentissage automatique ou d'intelligence artificielle pour l'analyse d'images lorsque cela est utile ;
• mesures de biophysique à l’échelle de la cellule unique et de la molécule unique ;
• activités de laboratoire humide et biologie cellulaire/moléculaire sur bactéries, avec formation si nécessaire ;
• documentation des protocoles, du code, des montages optiques et des procédures expérimentales ;
• coordination technique, formation et accompagnement de doctorants, postdoctorants, ingénieurs et collaborateurs dans un environnement interdisciplinaire ;
• veille technologique, présentation, diffusion et valorisation des développements techniques et scientifiques.
Contexte de travail :
La plupart de nos connaissances sur les bactéries proviennent d'études de cellules nageuses isolées. Pourtant, la majorité des bactéries sur Terre se trouvent dans des communautés agrégées non motiles, appelées biofilms, qui ressemblent peu à leurs homologues nageurs. Les biofilms sont fortement résistants aux antibiotiques, extrêmement difficiles à éradiquer, et sont impliqués dans des enjeux mondiaux majeurs, des infections graves et de l'antibiorésistance à la sécurité alimentaire et à la qualité de l'eau.

Selon le paradigme actuel, les biofilms débutent lorsqu'une cellule motile adhère à une surface et la détecte, déclenchant un changement de « mode de vie ». Mais cette étape cruciale de nucléation reste mal comprise : quel signal mécanochimique sous-tend la détection de surface ? De plus, de nombreux biofilms naturels, y compris plusieurs biofilms responsables d'infections chroniques, existent en l'absence de substrat, ce qui suggère que les biofilms peuvent se former par plusieurs mécanismes. La nucléation peut-elle être comprise non seulement comme un
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