Ingénieur développement logiciel spécialiste en données médicales multi-centriques, en apprentissage féd
Référence : 2024-1519062
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : INRIA Sophia Antipolis
- Localisation : 2004 Route des Lucioles 06902 Valbonne
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert aux titulaires et aux contractuels
- Expérience souhaitée Confirmé
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Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) Non renseigné
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Oui
Vos missions en quelques mots
L’ingénieur recruté s’intègre au collectif des ingénieurs permanents de l’institut, représenté au niveau d’un centre par le Service d’Expérimentation et de Développement (SED).
Son activité principale s’inscrit dans le cadre de projets d’envergure sur lesquels il est affecté pour une durée donnée, le plus souvent au sein d’une ou plusieurs équipes-projets.
L’équipe-projet EPIONE contribue au développement du patient numérique (e-patient) pour la médecine numérique (e-médecine).
L’e-patient (ou patient numérique) est un ensemble de modèles informatiques du corps humain capables de décrire et de simuler l’anatomie et la physiologie des organes et tissus, à différentes échelles, pour un individu ou une population. C’est un cadre permettant d’intégrer et d’analyser de manière cohérente les informations hétérogènes mesurées sur le patient à partir de sources disparates: imagerie, biologique, clinique, capteurs, …
L’e-médecine (ou médecine numérique) est définie comme les outils informatiques appliqués au patient numérique pour aider le médecin et le chirurgien dans leur pratique médicale, pour évaluer le diagnostic/pronostic et pour planifier, contrôler et évaluer la thérapie.
Les modèles qui régissent les algorithmes conçus pour les e-patients et l’e-médecine proviennent de différentes disciplines: informatique, mathématiques, médecine, statistique, physique, biologie, etc. Les paramètres de ces modèles doivent être ajustés à un individu ou à une population en fonction des images, signaux et données disponibles.
Cet ajustement est appelé personnalisation et nécessite généralement la résolution de problèmes inverses difficiles.
Fed-BioMed est un framework d’apprentissage fédéré destiné aux applications médicales multi-centriques en milieu hospitalier. Il met l’accent sur la sécurité, l’accès et l’inter-operabilité avec la donnée médicale, le pré-traitement et l’harmonisation fédérée des données, le contrôle du cycle de vie par l’hôpital.
La première affectation au sein de cette équipe porte sur une durée de 4 ans.
Mission principale (environ 90 % de son temps)
Conception et développement de logiciels au sein des projets de développement sur lesquels la personne est affectée, essentiellement dans les domaines des neurosciences et médecine numériques
Conseil et soutien à l’expérimentation en santé numérique
Soutien et encadrement pour les développeurs dans le même domaine.
Profil recherché
Activités principales
Conception et développement des logiciels scientifiques utiles aux travaux de recherche dans le domaine de l’apprentissage collaboratif pour la recherche biomédicale
Rédaction et présentation de documentation
Contribution aux expérimentations et publications scientifiques issues des projets de développement sur lesquels la personne est affectée
Veille technologique, en particulier dans le domaine : état de l’art, développement et/ou déploiement de preuves de concept (PoC)
Réflexions, mise en place, et éventuellement coordination d’un mode de fonctionnement entre les développeurs au sein des projets de développement sur lesquels la personne est affectéePrésentation des évolutions et des choix techniques ;
Identification des besoins des utilisateurs ;
Roadmap de travail au fil de l’activité.
Mise en place de support de formation à destination des développeurs / utilisateurs au sein de l’équipe
Conseil et expertise en développement technologique auprès des membres de l’équipe / des équipes / du domaine
Activités spécifiques pour la première affectation
Conduire la spécification technique et contribuer à l’implémentation dans le logiciel Fed-BioMed pour :
La ré-architecture du logiciel afin d’améliorer la séparation des strates (backend/frontend), le support de requètes simultanées, l’isolation de l’entrainement (sandboxing), la maturation et la robustesse du logiciel (TRL)
L’extension des fonctionalités d’analyse fédérée
La refonte et l’enrichissement des capacités de sélection des données
L’ajout de mécanismes de sécurisation avancés et adaptables selon le modèle de menace retenu
L’identification fine des rôles et des processus de mise en oeuvre et d’utilisation du logiciel, amélioration des interfaces (GUI, CLI) pour les intervenants
L’interopérabilité avec des logiciels tiers par l’ajout d’interfaces (API) et le support de formats de données d’échange
La contribution à la mutualisation de composants et à la standardisation en apprentissage fédéré
L’extension et l’optimisation des tests automatiques
Activités collectives
Formation ponctuelle, séminaires
Vecteur des bonnes pratiques en génie logiciel et en expérimentation
Aide aux recrutements et encadrement
Participation à des rédactions de projets, conseils sur des projets de développement
Représentation de l’institut sur le plan technique
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents
Compétences attendues
Compétences attendues :
Savoir être : ténacité, aimant l'effort au long terme, ouverture d'esprit.
Les compétences spécifiques suivantes sont fortement souhaitées:
données médicales multi-centriques (concepts, cycle de vie, techniques de pré-traitement)
apprentissage fédéré (concepts, techniques, outils)
sécurité (concepts, techniques, outils) en particulier pour les systèmes distribués, l'apprentissage machine, l'apprentissage fédéré
architectures logicielles distribuées
expérience démontrée du développement en équipe et de l'animation technique d'une équipe de développeurs
expérience démontrée du travail en entreprise ou avec des acteurs du monde de l'entreprise
La compétence spécifique suivante sera appréciée:
connaissance de l'écosystème logiciel Inria en imagerie médicale (SHANOIR, MedInria, CLINICA)
Expertise technologique pointue sur au moins un outil technologique du domaine de l'apprentissage fédéré pour la recherche biomédicale, en particulier :
langage Python pour la programmation objet, concurrente (processus, tâches, entrées-sorties asynchrones), distribuée et la manipulation de données (numpy, pandas)
bibliothèques d'apprentissage machine (PyTorch, scikit-learn, MONAI, TensorFlow) appels de procédure à distance (gRPC)
formats de structuration des données d'imagerie médicale (BIDS, ou éventuellement DICOM, NIFTI)
systèmes d'interface graphique Web (Node.js, ReactJS, Flask) et Jupyter Notebook
Localisation
Qui sommes-nous ?
Le centre Inria d'Université Côte d'Azur regroupe 37 équipes de recherche et 8 services d’appui. Le personnel du centre (500 personnes environ) est composé de scientifiques de différentes nationalités, d’ingénieurs, de techniciens et d’administratifs. Les équipes sont principalement implantées sur les campus universitaires de Sophia Antipolis et Nice ainsi que Montpellier, en lien étroit avec les laboratoires et les établissements de recherche et d'enseignement supérieur (Université Côte d’Azur, CNRS, INRAE, INSERM ...), mais aussi avec les acteurs économiques du territoire.
Présent dans les domaines des neurosciences et biologie computationnelles, la science des données et la modélisation, le génie logiciel et la certification, ainsi que la robotique collaborative, le Centre Inria d’Université Côte d’Azur est un acteur majeur en termes d'excellence scientifique par les résultats obtenus et les collaborations tant au niveau européen qu'international.
À propos de l'offre
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Compétences attendues :
Expertise dans le domaine de l’apprentissage collaboratif pour la recherche biomédicale, et l’expérimentation scientifique
Connaissances solides et expérience en développement logiciel :
maîtrise d’au moins 1 langage de programmation (C++, Python, Javascript),
architecture logicielle et paradigmes de programmation, génie logiciel, bonnes pratiques et outils de développement logiciel (versionning, documentation, compilation, packaging, CI, CD …)
Connaissances et expérience en maquettage, prototypage matériels et/ou logiciels
Capacité à conduire la veille technologique au sein de l’institut
Capacité à rédiger, à publier et à présenter en français et en anglais
Encadrement technique d’autres ingénieurs
Capacité à proposer et réaliser des mises en œuvre de référence, des prototypes et démonstrateurs : autonomie, créativité, veille proactive, écoute des besoins.
Capacité à comprendre les contextes et besoins scientifiques, et à les traduire dans des implémentations technologiques.
Maîtrise de la démarche scientifique associée à l’expérimentation (science reproductible, état de l’art scientifique, état de l’art technologique d’un domaine, publication logicielle, contribution à la publication scientifique sur l’aspect méthodologique et la mesure de performance). -
Mission spécifique pour la première affectation
Assurer la cohérence et la pertinence des efforts de développement en:
Conduisant et coordonnant l’intégration des contributions issues des travaux des équipes de recherche, des projets, du consortium et de la communauté, en accord avec la feuille de route du logiciel
Évaluant les évolutions envisagées en termes fonctionnels, de qualité d’implémentation et de sécurité
Contribuer à l’adoption et au positionnement du logiciel par des actions de:Dialogue avec les hôpitaux (DSI, cliniciens), les entreprises en santé numérique, les projets et les équipes contributeurs ou utilisateurs pour comprendre leurs attentes et leurs contraintes
Accompagnement au déploiement et à l’utilisation pour les projets emblématiques retenus
Dissémination (salons), animation de la communauté d’utilisateurs (en ligne), formation technique
Encadrer et participer au développement du logiciel pour:Le prototypage de fonctionnalités avancées en commun avec les équipes-projets et les partenaires
L’implémentation des extensions fonctionnelles en accord avec la feuille de route
Les actions de maturation et de sécurisation du code
Mission collective (environ 10 % de son temps)Dans le but de mutualiser son savoir-faire, la personne recrutée est amenée à réaliser des activités utiles au collectif des ingénieurs de développement de l’institut, en neurosciences et médecine numériques mais aussi plus largement.
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Vacant à partir du 01/09/2024
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Chercheuse / Chercheur
