Ingénieur-e biologiste en traitement de données – Plateforme ICEP - F/H
Référence : 2026-2200476
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
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Employeur :
Aix Marseille Université
Aix-Marseille Université - Localisation : Timone
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
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Nature du contrat
CDD d'1 an
- Expérience souhaitée Confirmé
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels Non renseignée Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non
- Télétravail possible Non
Vos missions en quelques mots
Au sein de la plateforme d’histopathologie expérimentale ICEP (AMU, labellisée Ibisa) située à l’IPC et rattachée au CRCM, vous assurez le traitement et la valorisation des données générées en imagerie fluorescente multiplex et transcriptomique spatiale, en interface avec les équipes de biologie, de clinique et de bio-informatique.
Vos missions principales :
- Mettre en place et optimiser les procédures de recueil, structuration et contrôle qualité des données (imagerie fluorescente multiplex, Visium SD/HD, Xenium)
- Réaliser la mise en forme et le pré-traitement des données : segmentation cellulaire/tissulaire, analyses non supervisées, clustering, préparation des jeux de données pour analyses approfondies par les porteurs de projet
- Produire et diffuser les résultats sous forme de rapports techniques ou d’études dans des formats lisibles et reproductibles (rapports HTML, visualisations interactives)
- Adapter et développer les outils informatiques et algorithmiques en fonction des besoins des projets, en lien étroit avec la plateforme de bioinformatique du CRCM
- Conseiller, former et accompagner les membres de la plateforme et les utilisateurs sur les workflows de traitement de données et assurer le transfert des données vers la bioinformatique
- Définir et suivre les procédures qualité : assurance qualité, reproductibilité des analyses, documentation des pipelines
- Contribuer aux activités expérimentales en imagerie fluorescente multiplex et transcriptomique spatiale, en support aux projets
- Veiller au respect des règles de déontologie, d’éthique, de pratiques cliniques et du RGPD (pseudo-anonymisation, gestion sécurisée des données)
- Assurer une veille scientifique et technologique sur les méthodes d’analyse d’images, de transcriptomique spatiale et les outils algorithmiques associés
- Interagir avec les différents acteurs (porteurs de projet, biologistes, cliniciens, bio-informaticiens) et participer aux réunions de projet pour aligner technologie et questions biologiques
Profil recherché
De formation supérieure en biologie, bioinformatique ou domaine proche, vous disposez d’une solide expertise en traitement de données d’imagerie et/ou de transcriptomique et souhaitez l’appliquer à des projets de recherche en oncologie au sein d’une plateforme technologique.
Formation : doctorat ou master 2/ingénieur en biologie, bioinformatique, biostatistiques, data science ou discipline apparentée
Compétences scientifiques : très bonne maîtrise des protocoles en immunofluorescence multiplex et/ou transcriptomique spatiale ; bonnes connaissances en biologie moléculaire et oncologie
Traitement de données : expérience en recueil, contrôle qualité, segmentation cellulaire/tissulaire, analyses non supervisées et clustering avec des outils algorithmiques adaptés
Informatique / algorithmique : capacité à adapter ou développer des scripts/outils interactifs et à produire des rapports reproductibles (type rapports HTML)
Qualité et réglementation : compréhension du cadre légal et déontologique (RGPD, pseudo-anonymisation) et des démarches d’assurance qualité et de reproductibilité
Communication : aptitude à interagir avec biologistes, cliniciens, bio-informaticiens et à transmettre des connaissances aux utilisateurs de la plateforme
Langues : maîtrise de l’anglais scientifique et technique, à l’oral comme à l’écrit
Savoir-être : sens du travail en équipe, organisation, esprit critique, écoute, forte capacité d’apprentissage de nouvelles approches analytiques
Localisation
Qui sommes-nous ?
Et si vous rejoigniez une structure en pleine mutation vers l’université de demain ?
Au premier rang des universités françaises et francophones, Aix-Marseille Université (AMU) regroupe 78 000 étudiants, 8 000 personnels, 122 structures de recherche en lien avec les plus grands organismes dans ce domaine et un budget de 720 M€.
5 grands campus accueillent les étudiants et tous les champs universitaires qu’il est possible d’étudier en France.
La diversité des sites permet de proposer aujourd’hui des opportunités de carrière uniques.
Aix-Marseille Université fait partie de l'alliance CIVIS pour la création des "Universités Européennes".
Aix-Marseille Université recrute et reconnait tous les talents, ses offres d'emplois sont handi-accessibles.
amU s’engage à promouvoir l'inclusion et l'égalité, en créant un environnement où chaque individu est valorisé et respecté.
Rejoignez-nous pour bâtir un avenir où la diversité est notre plus grande force.
AMU en vidéo : https://youtu.be/7-Hrtn-l2Qk
À propos de l'offre
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Un processus de recrutement fluide et transparent :
À réception de votre candidature, deux étapes : un échange téléphonique personnalisé avec les candidats sélectionnés (avec soin par un humain, et non par une IA), et un entretien avec les responsables de notre structure.
En cas de réussite, nous mettrons tout en œuvre pour confirmer votre recrutement rapidement. À votre arrivée, vous bénéficiez d'un parcours d'accueil et d'intégration, ainsi que de formations adaptées à vos besoins pour favoriser votre développement professionnel.Rejoindre AMU, c’est bénéficier d’un environnement de travail socialement engagé :
- Selon le cadre de la structure, une flexibilité dans l’organisation de la semaine de travail est possible : deux dispositifs ouverts dès 2 mois d’ancienneté en accord avec le manager : Le télétravail et la semaine en 4j ou 4,5j
- Un équilibre des temps de vie : bénéficiez jusqu'à 50 jours de congés dès la première année, puis 58 jours après un an (varie selon l’organisation choisie et le temps de travail)
- Une prime mensuelle et annuelle dès 12 mois d’ancienneté pour les agents non titulaires et application du RIFSEEP pour les titulaires
- Un accompagnement personnalisé pour les personnels en situation de handicap
- La prise en charge des transports en commun à hauteur de 75% compatible avec un forfait mobilité durable
- La possibilité d’une place de parking ou d’un forfait mobilité durable pour l'utilisation de cycles sur les trajets domicile-travail
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Vacant à partir du 01/02/2026
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Experte / Expert en biologie - SVT
