Ingénieur-e biologiste en traitement de données
Référence : 2025-1937897
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Institut national de la santé et de la recherche médicale (INSERM)
- Localisation : Lyon 7
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
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Nature du contrat
CDD d'1 an
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels Entre 2245 € et 3569 € € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Oui
Vos missions en quelques mots
La personne recrutée travaillera au sein de l’Equipe de Recherche Labellisée Inserm et du « Hub BIO-COMPUTING ». La mission principale de l’agent sera de participer au développement de méthodologies adaptées à la recherche du LBMC, en particulier en lien avec le traitement et l’analyse de données omiques, sur des thématiques portées par les équipes du laboratoire incluant l’organisation 3D du génome, l’épigénétique et le métabolisme des ARNs. L’ingénieur-e accompagnera les chercheurs tout au long du processus de production et d’analyse de données (traitement et analyse, modélisation, stockage et data management) ainsi que les personnels du LBMC afin qu'ils puissent améliorer leurs bonnes pratiques liées au bio-computing.
· Mettre en place des procédures standardisées de traitement et d’analyse des données omiques depuis leur production jusqu’à leur dépôt sur les entrepôts de données (ex : NCBI/EBI), en utilisant des infrastructures de calculs et stockage adaptées (ex : cluster de calcul).
· Aider à l’implémentation de développements méthodologiques pour traitement de données biologiques (ex : omiques, imagerie, modélisation).
· Intégrer des données multi-omiques (transcriptomique, translatomique, protéomique) pour l’étude de la régulation de l’expression des gènes.
· Assurer le respect des normes qualité et des réglementations en vigueur pour garantir la reproductibilité des analyses effectuées et aider les différentes équipes à améliorer leurs bonnes pratiques (ex : codage, développement logiciel, conteneurisation).
· Participer à la formation interne des membres du laboratoire à ces nouvelles méthodologies et à l’activité du réseau bio-informatique local en participant à des formations.
· Accompagner les équipes de recherche : conseils méthodologiques, assistance, formation et former les chercheurs aux procédures existantes et assurer le support technique et la formation aux outils développés.
· Participer à des co-encadrements d’étudiants sur des projets de recherche en collaboration avec des bio-informaticiens ou avec des biologistes.
Profil recherché
· Connaissances générales en biologie cellulaire et moléculaire.
· Expertise en développement de pipelines bioinformatiques pour le traitement et l’analyse de données.
· Bonnes connaissances sur le fonctionnement des clusters de calcul et sur le stockage et le dépôt de données.
· Des connaissances en analyses statistiques communément utilisées en biologie (ex : modèles linéaires, ACP) seraient un plus.
· Maîtrise de logiciels requis pour l’analyse de données omiques (ex : DESeq2, TopHat, STAR, samtools, bedtools, etc.).
· Maitrise d’au moins un langage de programmation (ex : Python, R, Bash), et des systèmes Unix/Linux. Une connaissance de langages compilés serait un plus.
· Connaissance d'outils pour la gestion de codes (ex : git).
· Utilisation d’infrastructures et de clusters de calculs (ex : pour l’analyse des données ou l’exploration numérique de modèles computationelles).
· Développement de pipelines bioinformatiques pour le pré-traitement, l’analyse et la modélisation de données biologiques. L’utilisation de nextflow et nf-core serait un plus.
· Mise en place de bonnes pratiques sur l’utilisation des données (approche FAIR : Findable, Accessible, Interoperable, Reusable).
· Maîtriser l’anglais scientifique à l’oral et à l’écrit. Les candidats seront capables, en anglais, de s'exprimer, de suivre une présentation scientifique ou une réunion de laboratoire, de lire des publications et d’aider à la rédaction de travaux de recherche.
· Travailler en équipe et être force de proposition.
· Gérer de manière autonome les aspects biocomputing de projets de recherche.
· Expérience professionnelle en recherche et support à la recherche en bio-informatique et en analyse de données issues d’approches à très haut débit.
· Master ou équivalent
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
Éléments de candidature
Documents à transmettre
Qui sommes-nous ?
Laboratoire de Biologie et Modélisation de la Cellule - U1293/UMR 5239
Le Laboratoire de Biologie et Modélisation de la Cellule (U1293/UMR 5239) comprend 100 personnes et est structuré en 15 équipes de recherche. Il est situé sur le site Monod de l’École Normale Supérieure de Lyon. La stratégie globale du laboratoire consiste en l’étude quantitative des processus biologiques par des approches quantitatives et interdisciplinaires combinant biologie expérimentale, analyse de données et modélisation. Une grande majorité des équipes du LBMC mobilise des approches basées sur du séquençage à haut-débit dans leur recherche (ChIP-Seq, RNA-Seq, Hi-C, ...) mais aussi certaines développent des approches computationnelles basées sur la biophysique ou l’IA. Dans ce contexte, le LBMC a créé un « Biocomputing hub », structure fédérant les différentes activités computationnelles développées au sein du LBMC, et ayant pour but d’accompagner et former les personnels du Laboratoire sur le traitement, le stockage, l’analyse de données et leur modélisation.
Descriptif du service
· Le LBMC est un laboratoire de biologie fondamentale qui permettra au candidat d’aborder une large variété de thématiques biologiques et de types de données produites et à traiter.
· Le candidat pourra se former aux nouvelles méthodes d’analyse de données, à la programmation (ex : biostatistique, deep learning), ou à la modélisation statistique et mathématique entouré par les membres du Hub experts dans ces domaines.
· Le candidat bénéficiera d’un environnement interdisciplinaire stimulant lui permettant d’interagir avec des biologistes, des mathématiciens, des physiciens et des informaticiens, lui ouvrant de nombreuses opportunités d’évolution de carrière.
Ce poste en CDD renouvelable s’inscrit dans la perspective de l’ouverture à concours d’un poste à l’Inserm au sein du LBMC. Les candidats peuvent se rapprocher de la Direction du LBMC pour des informations complémentaires.
À propos de l'offre
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Adressez votre candidature à Daniel Jost daniel.jost@ens-lyon.fr
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Vacant à partir du 01/12/2025
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Experte / Expert en production, traitement et analyse de données
