Ingénieur-e d'étude en bioinformatique
Référence : 2026-2227838
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Nantes Université
- Localisation : 30 bd Jean Monnet 44000 Nantes
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
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Nature du contrat
CDD de 2 ans
- Expérience souhaitée Confirmé
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels 23,5k à 36,6k brut/annuel € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Oui
Vos missions en quelques mots
Le projet du poste proposé s'inscrit dans un programme de recherche international, multicentrique ANR NeoTraid (Neonatal Treg in autoimmune diseases), coordonné par le Dr Cédric Auffray à l'Institut Cochin, Paris, en collaboration avec le Dr Benoit Salomon (Infinity, Toulouse) et le Dr Matthieu Giraud (CR2TI, Nantes).
L'objectif général de ce projet est d'étudier l'impact des lymphocytes T régulateurs néonataux (nnTregs) dans le contrôle des maladies auto-immunes chez la souris, en portant une attention particulière au rôle du facteur de transcription Foxo1 dans leur génération et aux moyens de moduler les nnTreg par des micro-organismes.
Le/la bioinformaticien-ne recruté-e travaillera spécifiquement sur la dissection des programmes transcriptionnels et épigénétiques contrôlés par Foxo1 dans le développement des lymphocytes T régulateurs thymiques (tTregs).
Activités principales
· Activité 1 : Analyse de données transcriptomiques et épigénétiques
· Activité 2 : Analyses bio-informatiques avancées
· Activité 3 : Valorisation et collaboration
RETROUVEZ LA FICHE DE POSTE EN INTEGRALITE : https://www.univ-nantes.fr/universite/recrutement/nantes-universite-recrute-un-e-ingenieur-e-detude-en-bioinformatique-cr2ti
Profil recherché
• Formation et/ou qualification : Master 2 en Bioinformatique ou Doctorat en Bioinformatique / Biologie computationnelle
• Expériences requises en analyse de données transcriptomiques (RNA-seq, scRNA-seq) et en analyse de données épigénétiques (ATAC-seq, ChIP-seq)
• Expériences antérieures bienvenues pour occuper le poste : minimum 2 ans d’expérience sur des projets en immunologie
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
Compétences attendues
Savoirs généraux, théoriques ou disciplinaires :
• Excellente maîtrise de R et des packages Bioconductor
• Expérience avec les pipelines d'analyse single-cell (ArchR, Seurat, Monocle3)
• Maîtrise de l'environnement Linux/Unix
• Connaissance des outils d'analyse de données NGS
Savoir-faire opérationnels :
• Expérience en immunologie computationnelle
• Connaissance des méthodes d'intégration multi-omiques
• Expérience avec les outils de visualisation (ggplot2, ComplexHeatmap)
• Pratique de Python
• Expérience de publication dans le domaine
Savoir-être :
Capacité à travailler en équipe et en collaboration avec plusieurs partenaires
• Autonomie et rigueur scientifique
• Bonnes capacités de communication et de présentation
• Anglais scientifique lu, écrit et parlé
Localisation
Éléments de candidature
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Qui sommes-nous ?
Nantes Université est un établissement public d’enseignement supérieur et de recherche qui propose un modèle d’université inédit en France unissant une université, un hôpital universitaire (CHU de Nantes), un institut de recherche technologique (IRT Jules Verne), un organisme national de recherche (Inserm) et des grandes écoles (Centrale Nantes, École des Beaux-Arts Nantes Saint-Nazaire, École d’Architecture de Nantes).
Ces acteurs concentrent leurs forces pour développer l’excellence de la recherche nantaise et offrir de nouvelles opportunités de formations, dans tous les domaines de la connaissance.
Durable et ouverte sur le monde, Nantes Université veille à la qualité des conditions d’études et de travail offertes à ses étudiantes, étudiants et personnels, pour favoriser leur épanouissement sur tous ses campus de Nantes, Saint-Nazaire et La Roche-sur-Yon.
Descriptif du service
Le CR2TI est une Unité Mixte de Recherche de l’Inserm et de Nantes Université basée sur le campus du CHU de Nantes et le bâtiment IRS2. Il est constitué de 6 équipes de recherche pour un total de 230 personnes (chercheurs, enseignants-chercheurs, cliniciens, étudiants, ingénieurs, techniciens) principalement dédiées au décryptage des mécanismes immunologiques et à l'amélioration du diagnostic et des traitements dans les domaines de la transplantation d’organes, des maladies inflammatoires, auto-immunes et des maladies infectieuses.
À propos de l'offre
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Environnement de travail :
· Bureau partagé
· Travail en équipe
Rythme de travail :
· Horaires fixes
Conditions de travail :
· Usage d’un écran
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Vacant à partir du 01/05/2026
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Experte / Expert en production, traitement et analyse de données
