Ingénieur-e d’étude en bioinformatique
Référence : INRAE-OT-29314
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement (INRAE)
- Localisation : Essonne
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
- Nature du contrat Non renseigné
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels Non renseignée Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Présentation plateforme:
Depuis 2003, la Plateforme de transcriptomique végétale de Paris-Saclay (POPS) met à la disposition des laboratoires universitaires et privés des outils d’analyse transcriptomique par séquençage d’ARN à haut débit (RNA-seq). Nous sommes spécialisés dans l'analyse des plantes, qu'il s'agisse d'organismes modèles ou de plantes cultivées. Le service proposé comprend la génération de données RNA-seq, des analyses bioinformatiques et statistiques, ainsi que des conseils pour l'interprétation des résultats. Nous accompagnons ainsi nos collaborateurs depuis la conception de l'expérience jusqu'à l'interprétation des données. La plateforme est certifiée pour l'ensemble de ses activités conformément aux exigences de la norme ISO 9001 depuis 2012. Afin de fournir à chaque client l'analyse la mieux adaptée à ses questions biologiques, nous disposons de l'équipement et des outils d'analyse bioinformatique et statistique nécessaires à l'assemblage de novo du transcriptome, à l'analyse des ARN polyadénylés et non polyadénylés, des petits ARN (miARN, siARN, ribo-seq, etc.) et des ARN polyadénylés à partir de quantités initiales très faibles (jusqu'à 50 pg). Pour les analyses d'expression spécifiques à un tissu, nous proposons également des analyses de transcriptome après microdissection au laser ou analyse de cellules individuelles à l'aide de protocoles développés en interne.
POPS recrute un.e bioinformaticien.ne (Ingénieur.e d’étude) pour participer au projet Plant2Pro Pheno-transcriptome. Ce projet est mené en collaboration avec les équipes IPM et ADEP. Dans le cadre de ce projet, 1 400 échantillons provenant de trois populations de ségrégation de blé du projet ATTILA, cultivées dans des champs expérimentaux afin de tester leur résistance à l’agent pathogène responsable de la septoriose, Zymoseptoria tritici, seront analysés par séquençage d’ARN (RNA-seq) à l’aide de la technologie 3’ BRB-seq. À partir de cet ensemble de données, une analyse TWAS sera réalisée, ainsi que l’intégration des données d’expression dans l’analyse QTL (en appliquant la stratégie développée par Yacine Djabali au cours de son doctorat) pour chaque population de ségrégation. En parallèle, à l’aide de la capture de séquences, nous étudierons la structure génétique des populations de Zymoseptoria tritici.
Mission:
La mission consiste à gérer et à analyser les données de séquençage d'ARN (RNA-seq) du projet.
Elle comprend notamment :
- l'optimisation du traitement bioinformatique des données 3’seq pour les espèces polyploïdes (à l'aide de Peak2utr, par exemple) ;
- la conception de sondes de capture pour Zymoseptoria tritici ;
- la réalisation d'analyses TWAS pour les populations de ségrégation de blé ;
- l'intégration des données d'expression dans l'analyse des QTL ;
- la mise en place de pipelines intégrés pour ces analyses.
Profil recherché
Compétences:
Les candidats devront avoir une expertise dans l’analyses de données transcriptomique et génomique en lien, si possible, avec des espèces de plantes cultivées.
Profil des candidats:
Les candidats doivent être titulaires d’un diplôme de niveau bac+5 (Master, ingénieur ou equivalent) en bioinformatique, statistique ou un domaine similaire avec une expérience démontrée en génomique.
POPS est engagée dans la promotion de l’égalité entre les genres, ainsi les candidates sont encouragées à postuler.
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
Qui sommes-nous ?
NOTRE AMBITION : AGIR POUR LA VIE, L’HUMAIN, LA TERRE
Premier organisme de recherche spécialisé au monde en agriculture, alimentation et environnement, INRAE est né le 1er janvier 2020 de de la fusion entre l’INRA et IRSTEA. Nous sommes une communauté de travail de 12 000 personnes, avec plus de 200 unités de recherche et une quarantaine d’unités expérimentales implantées dans 18 centres sur toute la France.
Notre Mission ?
Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources.
Pour répondre à ces grands enjeux mondiaux, nous avons besoin de renfort dans nos équipes. Des métiers de la recherche aux métiers de l’appui, l’INRAE recrute à tout niveau de diplôme (du CAP/BEP à Bac+8) !
Rejoignez une communauté engagée et agissez pour l’intérêt général !
À propos de l'offre
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Vacant à partir du 01/10/2026
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Experte / Expert en biologie - SVT