Ingénieur-e en bio-informatique
Référence : INRAE-OT-27896
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement (INRAE)
- Localisation : 68000 Colmar
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
- Nature du contrat Non renseigné
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels Non renseignée Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Dans le cadre de ses activités liées au séquençage haut-débit (HTS), l’IFV pôle Alsace au travers du LPA Vitivirobiome, recrute un(e) ingénieur(e) bio-informatique, basé(e) à Colmar dans les locaux de l’INRAE. La personne recrutée aura la responsabilité d’analyser des données de transcriptomiques, amplicon Seq, principalement pour obtenir des informations sur le virome de la vigne. La personne travaillera en étroite interaction avec l’équipe de virologie et de génomique de la vigne de l’IFV/INRAE.Missions- Maintenance et évolution d’un pipeline Nextflow existant pour l’assemblage de génomes viraux à partir de données RNA-seq- Développement d’analyses en R et Python (traitement, statistiques, visualisation, rapports).- Conception, développement/versioning, documentation et maintenance de pipelines bio-informatiques dans un environnement Linux- Lancement et supervision des analyses sur cluster de calcul sous SLURM- Mise en place et application d’un plan de gestion de données- Validation de la qualité des données et de l’intégrité des fichiers, traçabilité et sauvegarde des fichiers, au travers de la création de bases de données
Profil recherché
- Bac +5 (ou expérience équivalente) en bio-informatique- Expérience sur des traitements de données de séquençage haut-débit. Une expérience en assemblage de génome viraux est un atout. Expérience préalable à naviguer sur les bases de données publiques majeurs SRA, ENA souhaitée- Expérience avec des systèmes de workflows reproductibles (Nextflow, Snakemake ou équivalent).- Aisance pour travailler sur cluster de calcul Linux (scripting Bash, Slurm, gestions des jobs et ressources, logs, …) avec une expérience sur l’utilisation de conteneurs (Singularity/Apptainer, Docker).- Expérience en bonnes pratiques de développement informatique (Git, versioning)- Maitrise d’au moins un langage de programmation de haut niveau Python ou R (Python est un plus).- Connaissances de base de l’anglais scientifique pour une recherche bibliographique et documentation officielle efficiente
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents
Qui sommes-nous ?
NOTRE AMBITION : AGIR POUR LA VIE, L’HUMAIN, LA TERRE
Premier organisme de recherche spécialisé au monde en agriculture, alimentation et environnement, INRAE est né le 1er janvier 2020 de de la fusion entre l’INRA et IRSTEA. Nous sommes une communauté de travail de 12 000 personnes, avec plus de 200 unités de recherche et une quarantaine d’unités expérimentales implantées dans 18 centres sur toute la France.
Notre Mission ?
Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources.
Pour répondre à ces grands enjeux mondiaux, nous avons besoin de renfort dans nos équipes. Des métiers de la recherche aux métiers de l’appui, l’INRAE recrute à tout niveau de diplôme (du CAP/BEP à Bac+8) !
Rejoignez une communauté engagée et agissez pour l’intérêt général !
À propos de l'offre
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Vacant à partir du 26/11/2025
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Experte / Expert en expérimentation et production végétale
