Ingénieur-e en bioinformatique H/F

Référence : 2023-1289831

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement (INRAE)
    Centre INRAE Ile de France - Jouy-en-Josas - Antony
  • Localisation : 78350 JOUY EN JOSAS
Domaine : Recherche
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Date limite de candidature : 11/09/2023

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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert aux titulaires et aux contractuels
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) Non renseigné
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Votre mission consistera à conseiller et appuyer les scientifiques de l'unité GABI, ainsi que d'autres unités collaborant avec SIGENAE, pour choisir et mettre en oeuvre les méthodes d'analyses adaptées et approfondies à utiliser. En particulier, vous aurez à prendre en charge des projets de transcriptomique, détections et annotation de variants (ponctuels ou structuraux) ou épigénétique qui sont en demande croissante au sein de l'unité. Vous serez impliqué.e tout au long des projets, depuis leur montage pour conseiller sur le plan d'expérience et les ressources à prévoir notamment de stockage et de sauvegarde à l'interprétation des résultats et jusqu'à leur valorisation.
Au-delà de la prise en charge des projets d'analyse, il vous sera également demandé de développer, maintenir et mettre à disposition des chaînes de traitements automatisés et d'animer des formations associées pour rendre les scientifiques autonomes sur l'analyse de leurs propres données.

Profil recherché

Vous avez une formation en bioinformatique ou science des données. Vous avez également des compétences en analyse de données omiques. La maitrise de l'environnement Linux/Unix et de l'utilisation d'un cluster de calcul ainsi qu'un niveau avancé de programmation dans au moins un langage (scripting unix, Python, Java ) est nécessaire. Il serait souhaitable que vous soyez familiarisé avec les outils de reproductibilité incluant gestionnaires de version (git), de virtualisation (conda, singularity, docker) et gestionnaires de workflow (snakemake / nexflow). La maitrise de l'anglais (lu, parlé, écrit) est indispensable.
Vous devez être capable de travailler en équipe, en interaction avec des bioinformaticiens, biostatisticiens, biologistes et généticiens. Vous devrez savoir faire preuve de pédagogie pour présenter de manière accessible votre travail et animer des formations.

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents

Éléments de candidature

Personnes à contacter

  • Mathieu CHARLES 01.34.65.28.15
  • Tatiana ZERJAL 01.34.65.22.61

Qui sommes-nous ?

NOTRE AMBITION : AGIR POUR LA VIE, L’HUMAIN, LA TERRE

Premier organisme de recherche spécialisé au monde en agriculture, alimentation et environnement, INRAE est né le 1er janvier 2020 de de la fusion entre l’INRA et IRSTEA. Nous sommes une communauté de travail de 12 000 personnes, avec plus de 200 unités de recherche et une quarantaine d’unités expérimentales implantées dans 18 centres sur toute la France.

En savoir plus sur l'employeur

À propos de l'offre

  • Le poste ouvre droit à une prime informatique dont le niveau sera déterminé en fin de campagne, sous réserve que le/la candidat(e) retenu(e) réponde aux conditions d'attribution de ladite prime.

  • Vacant à partir du 01/02/2024

  • Experte / Expert en production, traitement et analyse de données

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