Ingénieur-e en microbiologie

Vous intégrerez l’UMR GenPhySE, unité spécialisée dans l’étude de la génétique, de la physiologie et des systèmes microbiens associés aux animaux d’élevage. Vous travaillerez au sein d’équipes interdisciplinaires mobilisant microbiologie, biotechnologies, analyses moléculaires et écologie microbienne.Vous bénéficierez d’un environnement composé de plateformes technologiques, d’équipements analytiques avancés et d’un réseau de collaborations internes (INRAE) et externes (notamment pour des activités de développement de biosenseurs).Votre mission consistera à assurer des activités expérimentales de microbiologie, de biochimie et d’analyses moléculaires au service des projets de recherche menés par l’unité. Vous contribuerez à la mise en œuvre, au suivi et à la validation des protocoles de laboratoire, en interaction avec les chercheurs, ingénieurs et techniciens de l’équipe.Vous serez plus particulièrement en charge de :1. Analyses moléculaires: dans le cadre du projet CASDAR CHARME, vous réaliserez des extractions d’ADN à partir d’échantillons microbiens (contenus digestifs). Vous participerez à la préparation des bibliothèques pour séquençage (Illumina ou équivalent) selon les recommandations publiées pour la métagénomique ou l’amplification ciblée visant à relier performances de croissance du porc avec la diversité de son microbiote.2. Fermentations anaérobies et mesures : Vous mettrez en œuvre des fermentations microbiennes en anaérobiose (cultures discontinues). Vous assurerez la préparation des milieux et du substrat en simulant la digestion haute par le protocole INFOGEST, l’inoculation sous atmosphère contrôlée, le suivi des cinétiques de production métabolique, la traçabilité des conditions expérimentales dans le cadre du projet PHASE FermentEnterotypig. Vous pourrez participer à la mise en place d’une méthode de quantification du lactate par chromatographie liquide haute performance (HPLC). Vous serez impliqué·e dans le développement et l’optimisation de la méthode (colonne, phase mobile, calibration), la préparation des échantillons et l’exécution des analyses.Vous prendrez en main et utiliserez le système GC déjà opérationnel au laboratoire pour mesurer H₂ et CO₂ produits lors des fermentations en réalisant l’injection des échantillons gazeux.3. Participation au développement de biosenseurs: Vous contribuerez à des tests expérimentaux, à la validation fonctionnelle et aux mesures réalisées dans le cadre de collaborations. Ces travaux s’appuieront sur le développement réalisé par Ana Zuniga pour détecter le propionate et les acides biliaires et contribueront à caractériser les fermentations anaérobies dans le cadre d’un projet ANR en cours de rédaction.