Ingénieur-e en traitement de données génomiques et épigénomiques

Vous rejoindrez l’équipe Diversité, évolution et génomique des interactions biotiques (DEBI), composée d’environ 18 personnes aux compétences complémentaires en génomique, épigénétique, bioinformatique, cytogénétique et biologie des systèmes. Cette équipe étudie l’évolution et le fonctionnement des génomes du genre Brassica, en particulier leur rôle dans la diversification des caractères d’intérêt et la réponse aux stress biotiques et abiotiques.Le poste s’inscrit dans plusieurs projets de recherche portant sur la diversité génomique et épigénomique des Brassica. De nombreuses données de séquençage à haut débit ont déjà été produites ou sont en cours de production, et de nouveaux jeux de données viendront enrichir ces travaux, notamment à partir de lignées variées incluant des mutants issus de technologies d’édition du génome.Les enjeux du poste sont de mieux comprendre le rôle des variations génomiques et épigénomiques dans l’expression des caractères et les mécanismes de régulation, dans un contexte de génomes complexes et souvent polyploïdes. Vos travaux contribueront directement à l’avancée des connaissances scientifiques et au renforcement des compétences collectives de l’unité sur les approches « omiques ».Dans ce cadre, vous serez en charge des activités suivantes :- Production et préparation des données génomiques et épigénomiques ;- Identifier les protocoles adaptés pour l’obtention de données épigénomiques issues du séquençage à haut débit (par exemple BS-Seq, ATAC-Seq, ChIP-Seq) ;- Participer à la préparation des échantillons en lien avec les techniciens de l’équipe ;- Contribuer à la production d’autres données omiques, notamment en génomique et transcriptomique ;- Analyse et intégration des données ;- Mettre en œuvre et adapter des pipelines d’analyse de données de séquençage ;- Analyser des données épigénomiques et les intégrer avec d’autres jeux de données omiques (génomiques, transcriptomiques, métabolomiques ou phénotypiques) ;- Interpréter les résultats pour étudier le rôle des variations génomiques et épigénomiques dans la régulation des caractères d’intérêt ;- Appui scientifique et méthodologique ;- Assurer une veille scientifique et technologique sur les outils et méthodes en épigénomique ;- Conseiller les chercheurs sur les choix méthodologiques et technologiques ;- Former et accompagner d’autres utilisateurs aux outils, méthodes et bonnes pratiques d’analyse des données omiques.