Ingenieur en bioinformatique (H/F)

Référence : UMR7277-MARCHA-017

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
  • Localisation : 06108 NICE (France)
Domaine : Recherche
Postuler sur le site employeur

Date limite de candidature : 25/07/2026

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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
  • Nature du contrat

    CDD de 3 ans
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels entre 2521 et 3743 euros brut en fonction de l'expérience professionnelle € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Missions :
Assurer l'analyse bioinformatique de données transcriptomiques issues de projets de recherche sur la détermination et la différenciation sexuelle.
• Développer, optimiser et maintenir des pipelines d'analyse pour les données de transcriptomique.
• Accompagner les chercheurs dans l'interprétation biologique des résultats.
• Contribuer à la valorisation scientifique des travaux de l'équipe.

Activités :
• Réaliser l'analyse de données de transcriptomique en cellule unique (scRNA-seq).
• Analyser des données de scRNA-seq obtenues par technologies de séquençage long reads.
• Analyser des données de transcriptomique spatiale.
• Analyser des données portant sur les modifications des ARN (épitranscriptomique), notamment les méthylations d'ARN.
• Développer, adapter et optimiser des pipelines bioinformatiques.
• Effectuer le contrôle qualité, le traitement, l'intégration et la visualisation des données.
• Participer à l'interprétation biologique des résultats avec les chercheurs.
• Produire des figures, rapports d'analyse et contribuer à la rédaction de publications scientifiques.
• Assurer une veille scientifique et technologique dans les domaines de la transcriptomique et de la bioinformatique.

Contexte de travail :
L'équipe est située au cœur de Nice et fait partie de l'Institut de Biologie Valrose, iBV (27 équipes; 250 personnes; 25 nationalités), un centre de recherche international qui rassemble des équipes de haut niveau aux expertises complémentaires et ayant un intérêt commun à traduire la recherche fondamentale en connaissances pour la clinique. L'iBV fournit des installations de base à la pointe de la technologie, avec une atmosphère collaborative et animée dans une ville / région très agréable.

Profil recherché

Competences :
• Solides connaissances en bioinformatique et analyses transcriptomiques.
• Bonne connaissance des technologies de séquençage haut débit, notamment du scRNA-seq.
• Connaissances en transcriptomique spatiale, long reads et épitranscriptomique appréciées.
• Notions en biologie du développement et/ou génétique du développement souhaitées.

• Maîtrise des outils d'analyse de données transcriptomiques (R, Python, Linux).
• Maîtrise des logiciels et pipelines dédiés au scRNA-seq (Seurat, Scanpy ou équivalents).
• Développement et optimisation de scripts et pipelines bioinformatiques.
• Analyse statistique et visualisation des données.
• Capacité à interpréter les résultats dans leur contexte biologique.
• Rédaction de rapports techniques et scientifiques en anglais.

• Autonomie et sens de l'organisation.
• Esprit d'analyse et rigueur scientifique.
• Capacité à travailler en équipe dans un environnement multidisciplinaire.
• Bonnes qualités relationnelles.
• Curiosité scientifique et force de proposition.
• Excellentes capacités de communication.

Contraintes et risques :
• Travail sur plusieurs projets de recherche en parallèle.
• Respect des échéances liées aux projets et aux publications.
• Manipulation de jeux de données de grande taille nécessitant des ressources de calcul intensif.
• Veille scientifique et technologique continue dans un domaine en évolution rapide.
• Collaboration quotidienne avec des biologistes, bioinformaticiens et partenaires scientifiques.

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
  • Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)

Langues

  • Français Seuil

Qui sommes-nous ?

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

En savoir plus sur l'employeur

À propos de l'offre

  • Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

  • Vacant

  • Experte / Expert en expérimentation, instrumentation et techniques biologiques

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