Ingénieur en bioinformatique pour l'étude des microbes du sol H/F

Référence : UMR8212-ELSABS-001

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
  • Localisation : 91191 ST AUBIN (France)
Domaine : Recherche
Postuler sur le site employeur

Date limite de candidature : 22/08/2026

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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
  • Nature du contrat

    CDD d'1 an
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels rémunération selon expérience, à partir de 3 237,95 € bruts mensuels € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Missions :
L'ingénieur·e recruté·e aura pour mission de caractériser l'évolution des micro-organismes du sol en réponse au changement climatique à partir de données métagénomiques. Il ou elle constituera un jeu de génomes assemblés à partir de métagénomes (MAGs) issus d'expérimentations de changement global, en extraira les traits fonctionnels par des approches computationnelles, puis analysera ces traits afin d'estimer des caractéristiques évolutives telles que la vitesse et l'amplitude de l'évolution. Ce travail s'inscrit dans le projet ERC GAMEchange, dont l'objectif global est d'intégrer l'évolution microbienne dans les modèles de surface continentale.
Activités :
Activités principales

- Rassembler et sélectionner, en autonomie, des génomes assemblés à partir de métagénomes (MAGs) issus d'expérimentations de changement global déjà identifiées ; évaluer leur qualité et documenter les critères de sélection
- Mettre en place et exécuter les chaînes de traitement bio-informatiques permettant l'extraction des traits fonctionnels (annotation fonctionnelle, prédiction de traits liés au cycle du carbone)
- Analyser ces traits pour estimer des caractéristiques évolutives — vitesse et amplitude de l'évolution — en proposant et en discutant les approches statistiques les plus adaptées
- Constituer et structurer la base de données de traits et de taux éco-évolutifs issue de ces analyses, en veillant à sa réutilisabilité (documentation, versionnage, standards FAIR)
Rédiger les résultats sous forme de rapports scientifiques et contribuer, en tant que co-auteur·e, aux publications issues du projet

Activités secondaires

- Participer aux réunions du projet ERC GAMEchange et interagir avec le comité d'experts international associé
- Contribuer aux discussions conceptuelles du projet au-delà du seul volet bio-informatique (interprétation écologique, articulation avec la modélisation)
- Assurer une veille méthodologique sur les approches d'analyse de données méta-omiques
- Présenter les travaux lors de séminaires internes et, le cas échéant, de conférences
Contexte de travail :
Le poste est basé au Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement (LSCE), unité mixte de recherche (UMR 8212) du CEA, du CNRS et de l'Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines, située sur le site CEA de l'Orme des Merisiers au cœur du campus de l'université Paris-Saclay et membre de l'Institut Pierre-Simon Laplace (IPSL). Le laboratoire réunit plus de 350 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, dont plus de 150 permanents, et s'organise en trois thèmes scientifiques regroupant seize équipes de recherche. Ses travaux couvrent la dynamique du climat, les cycles biogéochimiques et la reconstitution des climats passés, dans un environnement fortement international et interdisciplinaire. L'ingénieur·e recruté·e intégrera l'équipe GAMEchange et sera placé·e sous la responsabilité hiérarchiqu
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...

Profil recherché

Competences :
Connaissances

- Écologie microbienne des sols et cycle du carbone terrestre (connaissance approfondie)
- Bio-informatique appliquée aux données méta-omiques : assemblage, binning, contrôle qualité des MAGs, annotation fonctionnelle (connaissance approfondie)
- Méthodes statistiques appliquées à l'analyse de données biologiques à grande dimension (connaissance approfondie)
- Concepts d'écologie évolutive : sélection, adaptation, estimation de taux évolutifs (connaissance générale à approfondie)
- Modélisation des écosystèmes et des surfaces continentales (connaissance générale)
- Anglais scientifique écrit et oral : niveau B2 à C1 du cadre européen

Savoir-faire

- Programmer en R et/ou Python dans un contexte d'analyse de données (maîtrise)
Concevoir, exécuter et documenter des chaînes de traitement bio-informatiques (maîtrise)
- Travailler en environnement Linux et sur cluster de calcul (maîtrise)
- Utiliser des outils de gestion de version et de reproductibilité — Git, environnements conteneurisés (application à maîtrise)
- Structurer et documenter des bases de données scientifiques selon les principes FAIR (application)
- Rédiger des documents scientifiques en anglais et présenter des résultats devant un public international (maîtrise)

Savoir-être

- Autonomie et capacité d'initiative dans la conduite des analyses
- Rigueur et sens de la traçabilité méthodologique
- Aptitude au travail collaboratif au sein d'une équipe pluridisciplinaire et internationale
- Capacité à dialoguer avec des interlocuteurs de champs disciplinaires différents — microbiologie, modélisation, bio-informatique
- Curiosité scientifique et goût pour les approches interdisciplinaires

Formation interne possible

- Formations du CNRS et de l'IDRIS/TGCC au calcul haute performance et à l'utilisation des moyens de calcul nationaux
- Formations aux bonnes pratiques de développement logiciel et à la science ouverte proposées par le réseau des ingénieurs du CNRS
- Accompagnement méthodologique par le comité d'experts du projet (microTrait, données SOLCA, détection de signaux évolutifs)
Contraintes et risques :
Poste soumis à une autorisation d'accès au site CEA de Saclay, zone à régime restrictif. L'entrée en fonction est conditionnée à l'obtention de cette autorisation, dont l'instruction peut prendre plusieurs semaines.

Déplacements ponctuels en France et à l'étranger pour les réunions de projet et les conférences.

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
  • Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)

Langues

  • Français Seuil

Qui sommes-nous ?

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

En savoir plus sur l'employeur

À propos de l'offre

  • Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

  • Vacant

  • Experte / Expert en expérimentation, instrumentation et techniques biologiques

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