Ingénieur en bioinformatique, traitement de données biologiques et environnementales
Référence : 2026-2387807
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
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Employeur :
Institut de Recherche pour le Développement (IRD)
IRD - Localisation : MARSEILLE
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
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Nature du contrat
CDD de 3 ans
- Expérience souhaitée Confirmé
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels Selon les grilles € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Selon le reclassement
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non
- Télétravail possible Oui
Vos missions en quelques mots
Le projet Marine Microswimmers (2026–2028), financé par la Fondation BNP Paribas, vise à étudier les phénomènes de chimio-attraction entre les microorganismes marins et les organismes benthiques (coraux, gorgones, éponges, herbiers) afin de développer des stratégies innovantes de restauration écologique face au changement climatique et à l'érosion de la biodiversité.
Votre mission consistera à conduire les analyses bioinformatiques du projet et à intégrer les résultats avec des jeux de données métabolomiques, microscopiques et environnementales. Sous la responsabilité de Nicolas Garcia Seyda (post-doctorant, IRD) et de Magali Lescot (IRHC, CNRS), les principales activités seront les suivantes :
1. Concevoir et développer des méthodes et des pipelines bioinformatiques pour l'intégration et l'analyse de données multi-omiques, d'imagerie et de paramètres environnementaux.
2. Structurer, harmoniser et assurer l'interopérabilité de grands jeux de données, conformément aux principes FAIR et aux standards internationaux.
3. Valoriser les développements méthodologiques et les résultats scientifiques par la rédaction de publications, la diffusion des outils développés (logiciels, pipelines, documentation) et la participation à des projets collaboratifs nationaux et internationaux.
4. Assurer une veille scientifique et technologique.
5. Participer à l'animation scientifique du projet ainsi qu'à la communication auprès du grand public.
Profil recherché
Titulaire d'un diplôme de niveau Bac +5 (Master ou diplôme d'ingénieur) en bioinformatique, sciences des données, écologie numérique, génomique environnementale ou discipline connexe, le ou la candidate devra posséder une solide expertise dans le développement de méthodes d'analyse et de traitement de données biologiques et environnementales à grande échelle.
Vous maîtrisez les approches de bioinformatique appliquées aux données multi-omiques (métabarcoding 16S/18S, métagénomique, métatranscriptomique), l'intégration de données multimodales et hétérogènes (imagerie, données omiques, paramètres physico-chimiques) ainsi que les méthodes statistiques multivariées, de réduction de dimension et d'apprentissage automatique (machine learning, deep learning et intelligence artificielle).
Vous possédez de solides compétences en programmation scientifique (Python, R, C/C++, MATLAB, Java, JavaScript, PHP), en scripting Linux (Bash), ainsi qu'en développement de pipelines reproductibles (Snakemake, Nextflow).
Vous maîtrisez les outils de gestion de versions (Git, CI/CD), les technologies de conteneurisation (Docker, Singularity), les environnements de calcul intensif (HPC) et les langages basés sur SQL ainsi que les bases de données relationnelles (PostgreSQL, MariaDB, MySQL). Une expertise en développement d'API et d'interfaces web (HTML/CSS, PHP, JavaScript) est attendue.
Vous êtes capable de concevoir des solutions méthodologiques innovantes, de documenter et diffuser les développements réalisés, d'accompagner des équipes de recherche pluridisciplinaires et de contribuer à la valorisation scientifique des travaux par des publications et des présentations dans des contextes nationaux et internationaux.
Vous faites preuve d'autonomie, de rigueur, d'esprit d'initiative et d'excellentes capacités de communication. Une expérience du travail en équipe multidisciplinaire et une aptitude à collaborer avec des chercheurs de différentes disciplines sont indispensables. Vous manifestez un intérêt marqué pour les sciences de l'environnement et les enjeux liés au changement climatique.
La maîtrise du français et de l'anglais scientifique, à l'écrit comme à l'oral, est indispensable.
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents
Éléments de candidature
Documents à transmettre
Qui sommes-nous ?
L’Institut de recherche pour le développement (IRD) est un organisme de recherche public français pluridisciplinaire qui est fondé sur un modèle original de partenariat scientifique équitable avec les pays du Sud et une science interdisciplinaire et citoyenne, engagée pour la réalisation des Objectifs de Développement Durable.
Une science engagée
L’IRD co-produit une science d’excellence et d’exigence, de standard international, qui nourrit décisions et politiques publiques. Pour cela, l’IRD dispose de plus de 2200 femmes et hommes répartis au sein de 4 délégations régionales, 35 représentations en Outre-mer et à l’international et 79 unités mixtes de recherche. L’Institut est placé sous la double tutelle du ministère chargé de l’Enseignement supérieur et de la Recherche et celui de l’Europe et des Affaires Étrangères.
Notre mission
La mission première de l’IRD est de produire de la science focalisée sur la zone intertropicale et méditerranéenne et fondée sur un partenariat scientifique équitable avec les communautés d’enseignement supérieur et de recherche (ESR) des pays et régions concernés.
L’objectif est le renforcement des capacités propres de l’enseignement supérieur de la recherche (ESR) des pays partenaires. Cela vise à contribuer, d’une part, aux avancées de la science universelle, d’autre part, à la satisfaction des besoins de leurs populations, en particulier les plus vulnérables.
Ensemble, scientifiques et partenaires de l’Institut proposent des solutions concrètes pour répondre aux défis globaux auxquels les sociétés et la planète font face. Cette relation gagnante-gagnante fait de la science et de l’innovation des leviers majeurs du développement.
Descriptif du service
Le laboratoire Méditerranéen d’Océanologie (MIO) est une unité mixte de recherche du CNRS, de l’IRD, d’Aix-Marseille Université et de l’Université de Toulon, intégrée à l’OSU Pythéas. Il rassemble près de 230 personnels répartis sur plusieurs sites en France et en Nouvelle-Calédonie. Le MIO développe des recherches pluridisciplinaires visant à comprendre le fonctionnement de l’océan et son évolution face aux changements globaux, en s’appuyant sur des expertises en biologie, écologie, microbiologie, biodiversité, physique, chimie, biogéochimie et sédimentologie marines. Ses activités reposent sur des campagnes océanographiques, des infrastructures d’observation, des plateformes analytiques de pointe et des approches de modélisation, dans le cadre de nombreux programmes de recherche nationaux et internationaux.
Vous intègrerez l’équipe Biogéochimie du MIO, qui est composée de 26 permanents et 15 non permanents. Les travaux de recherche de l’équipe se focalisent sur les processus biotiques et abiotiques qui contrôlent les cycles biogéochimiques des éléments dans l’océan et sur le couplage entre ces cycles à différentes échelles spatio-temporelles.
À propos de l'offre
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L’IRD, au cours de votre parcours professionnel, vous accompagne dans le développement de vos compétences.
L’institut met à votre disposition un panel d’outils tel que le parcours digital d’intégration, l’accès à la formation permanente, à la promotion et la mobilité.
L’IRD offre, en fonction des activités, la possibilité de télétravailler de 1 à 3 jours hebdomadaires.
En rejoignant l’IRD, vous bénéficierez :
· De 32 jours de congés + 13 RTT (pour un temps plein)
· De tickets restaurants ou d’une restauration collective (en fonction du site)
· D’une souscription annuelle (facultative) à l’AOS : prestations vacances-loisirs et sportives-culturelles
· D’une affiliation à la protection sociale complémentaire MGEN, offrant une couverture santé et prévoyance de qualité
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Vacant à partir du 01/10/2026
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Experte / Expert en calcul scientifique
