Ingénieur(e) de Recherche- Bio-informaticien(ne)
Référence : 2026-2354984
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Institut de Recherche pour le Développement (IRD)
- Localisation : PIMIT PTU Ste Clotilde
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
- Nature du contrat Non renseigné
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels Non renseignée Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Vous rejoindrez une équipe de recherche dynamique impliquée dans un projet européen ambitieux visant à comprendre comment les caractéristiques moléculaires du moustique tigre, son microbiote et les conditions environnementales locales influencent sa capacité à transmettre les quatre sérotypes du virus de la dengue.
Vous jouerez un rôle central dans l’analyse et l’intégration des données transcriptomiques et métagénomiques produites dans le cadre des différentes actions du projet TIGRUN. Ces données seront issues de plusieurs tissus du moustique, de différents temps post-infection, des quatre sérotypes du virus de la dengue et de populations naturelles provenant de plusieurs zones microclimatiques de La Réunion.
Vos missions:
Concevoir, développer, optimiser et documenter des pipelines bioinformatiques reproductibles pour l’analyse de données de séquençage à haut débit
Assurer le contrôle qualité, le prétraitement, l’alignement, la quantification et l’analyse statistique des données transcriptomiques issues des différents tissus et conditions expérimentales
Conduire les analyses d’expression différentielle et contribuer à l’identification de signatures moléculaires, de voies biologiques et de réseaux de gènes associés à l’infection par les différents sérotypes du virus de la dengue
Analyser les données de métagénomique shotgun afin de caractériser la diversité taxonomique et fonctionnelle des microbiotes associés aux populations naturelles d’Aedes albopictus
Réaliser des analyses comparatives permettant d’étudier les variations du microbiote entre les localités, les conditions environnementales et les modalités de collecte des moustiques
Intégrer les données transcriptomiques et métagénomiques aux métadonnées expérimentales, environnementales et entomologiques, notamment les tissus étudiés, les sérotypes viraux, les temps post-infection, les microclimats et les niveaux de compétence vectorielle
Contribuer à l’interprétation biologique des résultats en interaction étroite avec les différents membres et partenaires scientifiques du projet
Assurer la structuration, la documentation, la traçabilité et la gestion des données produites, dans le respect des principes de reproductibilité et de science ouverte
Développer et maintenir un site web interactif destiné à la consultation et à la visualisation des données transcriptomiques et métagénomiques du projet par la communauté scientifique
Contribuer à la rédaction d’articles scientifiques, de rapports techniques et de documents de valorisation
Présenter les résultats lors de réunions de consortium, de séminaires et de congrès scientifiques nationaux et internationaux
Participer au transfert de compétences en bioinformatique et à l’accompagnement des étudiants et personnels impliqués dans le projet.
Ce poste vous permettra d’évoluer dans un environnement scientifique multidisciplinaire et international.
Profil recherché
Doctorat en bioinformatique, biologie computationnelle, génomique, biostatistique, biologie des systèmes ou dans une discipline apparentée.
Compétences scientifiques et techniques
Vous possédez idéalement plusieurs des compétences suivantes :
- expérience confirmée dans le traitement et l’analyse de données issues du séquençage à haut débit ;
- expertise en analyse de données transcriptomiques, notamment RNA-seq, contrôle qualité, quantification, normalisation et expression différentielle ;
- expérience en métagénomique shotgun, en analyse de microbiomes ou dans le traitement de données métagénomiques ;
- maîtrise avancée des environnements Linux et des langages de programmation utilisés en bioinformatique, notamment R, Python et Bash ;
- solides compétences en statistiques appliquées aux données biologiques multidimensionnelles ;
- maîtrise des outils de visualisation et d’interprétation des données génomiques et multi-omiques ;
- connaissance des bases de données biologiques, des méthodes d’annotation fonctionnelle et des standards associés aux données omiques ;
- expérience dans la conception de pipelines automatisés, documentés et reproductibles ;
- capacité à structurer, documenter et gérer des jeux de données complexes et leurs métadonnées ;
- connaissances en développement d’interfaces web, de bases de données ou d’applications interactives de visualisation appréciées ;
- connaissances en virologie, microbiologie, entomologie médicale ou biologie des vecteurs appréciées.
Qualités personnelles
Vous êtes reconnu(e) pour :
- votre rigueur scientifique et votre capacité d’analyse ;
- votre autonomie, votre esprit d’initiative et votre sens de l’organisation ;
- votre aptitude à conduire plusieurs analyses complexes dans le respect des échéances du projet ;
- votre capacité à travailler à l’interface entre bioinformatique et biologie expérimentale ;
- vos qualités rédactionnelles et votre aptitude à communiquer les résultats scientifiques à l’écrit comme à l’oral.
Une bonne maîtrise de l’anglais scientifique est également attendue.
Éléments de candidature
Documents à transmettre
Qui sommes-nous ?
L’Institut de recherche pour le développement (IRD) est un organisme de recherche public français pluridisciplinaire qui est fondé sur un modèle original de partenariat scientifique équitable avec les pays du Sud et une science interdisciplinaire et citoyenne, engagée pour la réalisation des Objectifs de Développement Durable.
Une science engagée
L’IRD co-produit une science d’excellence et d’exigence, de standard international, qui nourrit décisions et politiques publiques. Pour cela, l’IRD dispose de plus de 2200 femmes et hommes répartis au sein de 4 délégations régionales, 35 représentations en Outre-mer et à l’international et 79 unités mixtes de recherche. L’Institut est placé sous la double tutelle du ministère chargé de l’Enseignement supérieur et de la Recherche et celui de l’Europe et des Affaires Étrangères.
Notre mission
La mission première de l’IRD est de produire de la science focalisée sur la zone intertropicale et méditerranéenne et fondée sur un partenariat scientifique équitable avec les communautés d’enseignement supérieur et de recherche (ESR) des pays et régions concernés.
L’objectif est le renforcement des capacités propres de l’enseignement supérieur de la recherche (ESR) des pays partenaires. Cela vise à contribuer, d’une part, aux avancées de la science universelle, d’autre part, à la satisfaction des besoins de leurs populations, en particulier les plus vulnérables.
Ensemble, scientifiques et partenaires de l’Institut proposent des solutions concrètes pour répondre aux défis globaux auxquels les sociétés et la planète font face. Cette relation gagnante-gagnante fait de la science et de l’innovation des leviers majeurs du développement.
Descriptif du service
L'Unité Mixte de Recherche PIMIT (Processus Infectieux en Milieu Insulaire Tropical) est une unité de recherche pluridisciplinaire reconnue pour ses travaux sur les maladies infectieuses émergentes et ré-émergentes en contexte insulaire tropical. Ses recherches portent sur les interactions entre les agents infectieux, leurs hôtes, les vecteurs et leur environnement, en mobilisant des approches intégrées en virologie, bactériologie, parasitologie, immunologie, entomologie médicale, biologie moléculaire, génomique et écologie de la santé.
Dans le cadre du projet européen TIGRUN, financé par le FEDER 2021-2027, l'unité développe des recherches innovantes visant à décrypter les mécanismes moléculaires, les facteurs environnementaux et microbiotiques qui contrôlent la transmission des quatre sérotypes du virus de la dengue par Aedes albopictus à La Réunion.
Le projet s'appuie sur des infrastructures de pointe comprenant des laboratoires de niveaux de biosécurité BSL2 et BSL3, un insectarium confiné de niveau I3, des plateformes de biologie moléculaire ainsi que des collaborations nationales et internationales de haut niveau dans les domaines de la virologie, de la transcriptomique, de la métagénomique et de la bio-informatique.
À propos de l'offre
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Vacant à partir du 01/03/2027
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Experte / Expert en production, traitement et analyse de données
