Ingénieur.e de recherche en bio-informatique et analyse de données
Référence : 2026-2359605
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Nantes Université
- Localisation : Nantes
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
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Nature du contrat
CDD de 2 ans
- Expérience souhaitée Confirmé
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels 26,2k à 41,7k brut/annuel € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non
- Télétravail possible Oui
Vos missions en quelques mots
La personne sera recrutée en tant qu’Ingénieur.e de recherche en bio-informatique et analyse de données sur le projet IMoKiT, dédié à l'étude du rejet chronique humoral en transplantation rénale. Cette personne aura pour missions principales de conduire des analyses multi-omiques intégratives à partir de données génomiques, transcriptomiques et épigénomiques (RNAseq en bulk et single cell, miRNAseq, puces de méthylation) afin d'identifier les facteurs moléculaires clés et les réseaux impliqués dans la physiopathologie des événements chroniques de rejet.
Activités principales
· Conception et mise en œuvre des pipelines d'analyse de données omiques
· Analyser et intégrer différentes sources de données en grandes dimensions
· Formaliser et valoriser les résultats sous forme de publications et communications scientifiques
· (Co)Encadrer et former des étudiants aux approches analytiques en grandes dimensions
· Organiser la veille, la gestion, et l’actualisation des scripts/données/résultats
RETROUVEZ LA FICHE DE POSTE EN INTEGRALITE : https://www.univ-nantes.fr/universite/recrutement/nantes-universite-recrute-un-e-ingenieur-e-de-recherche-en-bio-informatique-et-analyse-de-donnees-cr2ti
Profil recherché
· Versant : Fonction publique d’État
· Type de recrutement : Catégorie A, Contractuel.le CDD 2 ans (article L.332-24 du CGFP)
• Formation et/ou qualification : Diplôme de doctorat en biologie moléculaire, bio-informatique ou biostatistiques dans le domaine de la santé. (Les niveaux Bac+5 avec expérience pourront être considérés)
• Expériences antérieures bienvenues pour occuper le poste :
- 2/3 ans post-thèse en analyse bio-informatique dans le domaine de la santé (Les jeunes docteurs, ou les Bac+5 avec expérience pourront être considérés)
- Expérience pratique dans le recueil, l’analyse et traitement de données omiques et des outils de bio-informatique (e.g., R, Python, …)
- Collaboration avec des équipes pluridisciplinaires, incluant chercheurs, bio-informaticiens et cliniciens
- Bonne capacité d'analyse et de rédaction de documents clairs et précis à communiquer à tous niveaux (rapports/procédures/publications scientifiques)
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents
Compétences attendues
Savoirs généraux, théoriques ou disciplinaires :
- Bonne connaissance en biologie moléculaire (expertise)
- Maîtrise des analyses transcriptomiques et épigénomiques
- Maîtrise de langages informatiques (Python, R, etc)
- Familiarité avec les outils et logiciels bio-informatiques
- Connaissances en transplantation rénale seraient un plus
- Bonne capacité d'analyse et de rédaction de documents clairs et précis à communiquer à tout niveau (rapports/procédures/publications scientifiques)
Savoir-faire opérationnels :
- Recueil, analyse et traitement de données omiques (expertise)
- Garantir la qualité et pertinence des outils d'analyse et des résultats : R, Python (expertise)
- Garantir la reproductibilité et le transfert de savoir technique : Git, Conda, Snakemake (maîtrise)
- Visualisation et représentation graphique (maîtrise)
- Maîtrise professionnelle de la langue anglaise requise
Savoir-être :
- Rigueur et organisation dans la gestion et le maintien des données, scripts et résultats
- Organisation, gestion et priorisation des tâches (objectif de publications)
- Capacité à collaborer et à communiquer efficacement avec des équipes pluridisciplinaires
- Esprit d'initiative et autonomie dans la résolution des problèmes
- Sens de l'éthique et confidentialité dans la gestion des données sensibles
- Adaptabilité face aux évolutions technologiques et réglementaires
Localisation
Éléments de candidature
Documents à transmettre
Personnes à contacter
Qui sommes-nous ?
Nantes Université est un établissement public d’enseignement supérieur et de recherche qui propose un modèle d’université inédit en France unissant une université, un hôpital universitaire (CHU de Nantes), un institut de recherche technologique (IRT Jules Verne), un organisme national de recherche (Inserm) et des grandes écoles (Centrale Nantes, École des Beaux-Arts Nantes Saint-Nazaire, École d’Architecture de Nantes).
Ces acteurs concentrent leurs forces pour développer l’excellence de la recherche nantaise et offrir de nouvelles opportunités de formations, dans tous les domaines de la connaissance.
Durable et ouverte sur le monde, Nantes Université veille à la qualité des conditions d’études et de travail offertes à ses étudiantes, étudiants et personnels, pour favoriser leur épanouissement sur tous ses campus de Nantes, Saint-Nazaire et La Roche-sur-Yon.
Descriptif du service
- Le CR2TI est une Unité Mixte de Recherche de l’Inserm et de Nantes Université basée sur le campus du CHU de Nantes et le bâtiment IRS2. Il est constitué de 6 équipes de recherche pour un total de 230 personnes principalement dédiées au décryptage des mécanismes immunologiques et à l'amélioration du diagnostic et des traitements dans les domaines de la transplantation d’organes, des maladies inflammatoires, auto-immunes et des maladies infectieuses.
- L’équipe 3, integrative Transplantation, HLA, Immunology and geNomics of Kidney injury (iTHINK), est une équipe interdisciplinaire se composant de cliniciens, biologistes et bio-informaticiens avec un intérêt particulier pour l’étude des mécanismes physiopathologiques en transplantation d’organes. Les principaux objectifs de recherche sont : 1) d'identifier les déterminants immunologiques, génétiques et HLA/immunogénétiques de l'échec de l'allogreffe rénale et d'autres maladies rénales à médiation immunitaire, 2) de caractériser le rôle immunologique des protéines de surface cellulaire humaine non classifiées et de définir leur potentiel en tant que nouvelles cibles pour les immunothérapies et 3) d'intégrer ces résultats dans des outils personnalisés de décision clinique.
- Le projet finançant ce poste est le projet IMoKiT, soutenu par l’ANR, qui propose de mener une approche multi-omique intégrative pour mieux comprendre le rejet chronique humoral
À propos de l'offre
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Environnement de travail :
· Accessibilité PMR
· Présence d’escaliers
· Bureau partagé
· Travail en équipe
· Open Space (8-10 personnes)
Rythme de travail :
· Horaires fixes (9h-17h30)
· Télétravail possible 1j/semaine
Conditions de travail :
· Usage d’un écran
· Travailler assis
· Poste de travail partagé
· Visioconférences possibles pour certaines réunions
· Utilisation d’applications métiers
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Vacant à partir du 01/10/2026
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Experte / Expert en production, traitement et analyse de données
