Ingénieur‑e en métabolomique environnementale

Vous serez accueilli-e au sein de l’unité de recherche INRAE « Ecosystèmes aquatiques et changements globaux » (EABX) rattachée à la plateforme Bordeaux Metabolome membre de Metabo-Hub. Les recherches menées au sein l’unité EABXvisent à acquérir les connaissances, à construire les méthodes et à mettre au point les outils pour caractériser et comprendre l’état et la dynamique des écosystèmes aquatiques continentaux (estuaires, lacs, rivières), en évaluant les réponses de ces écosystèmes ou de ces espèces (poissons migrateurs amphihalins et végétaux aquatiques) aux pressions anthropiques (pêche, fragmentation des milieux, contamination, changement climatique). Vous intègrerez en particulier l’équipe ECOVEA (Ecologie des communautés végétales aquatiques et impacts des pressions multiples) qui focalise ses recherches sur les végétaux et les communautés microbiennes aquatiques. Contexte : Face à la contamination chimique des milieux aquatiques, les communautés microbiennes aquatiques périphytiques (i..e périphyton) sont utilisées de manière croissante pour comprendre le lien entre l’exposition aux contaminants chimiques et les impacts sur les écosystèmes, en raison de leur diversité et de leur rôle clef dans les fonctions écosystémiques [Morin and Artigas, 2023]. Malgré l’accroissement des connaissances sur la réponse de ces communautés au stress chimique à partir d’expérimentations en conditions contrôlées, un vrai défi reste de mieux comprendre comment les facteurs environnementaux interagissent et modulent la réponse des communautés dans le monde réel [Ghiglione et al, 2016].Le développement récent des omiques a montré la pertinence de ces technologies pour la caractérisation intégrée et sensible de la réponse des communautés microbiennes à leur environnement. En particulier, la méta-métabolomique est une approche de choix pour caractériser le phénotype moléculaire qui est très largement utilisé en écologie microbienne [Graham et al. 2018]. Si les mécanismes d’assemblage des méta-métabolome sont encore mal compris, le concept récent d’écologie des méta-métabolome devrait permettre d’apporter des connaissances sur ces processus [Dankazk et al. 2020].