Ingénieure ou ingénieur de recherche en bioinformatique (H/F)
Référence : UMR6074-ANNSIE-011
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
- Localisation : 35042 RENNES (France)
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
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Nature du contrat
CDD d'1 an
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels De 3 143,64 à 4 816,31€ selon expérience € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Missions :
Le poste s’inscrit dans le projet SuPRTryP, soutenu par le PEPR BBEST, qui combine des approches numériques et expérimentales pour exploiter la diversité des levures et valoriser des co-produits agroalimentaires par fermentation.
La personne sera en charge de la mise en place d'un pipeline complet d''annotation structurelle puis fonctionnelle des fonctions enzymatiques de génomes de levures, et du développement de méthodes pour leur interprétation en voies métaboliques d’intérêt. Ces méthodes seront appliquées à une sélection de plusieurs centaines de souches de levures sélectionnées par le consortium du projet.
Activités :
- Réaliser l’annotation structurelle de génomes de levure clés pour le projet scientifique.
- Mettre en place une plateforme d'annotation fonctionnellement des génomes de levures et l'appliquer aux génomes du projet scientifique (plusieurs centaines).
- Développer et implémenter des algorithmes de prédictions de fonctions enzymatiques issus de l’état de l’art et les interpréter en voies métaboliques.
- Mettre en place et piloter une plateforme numérique d'interprétation de génomes à l'échelle de voies métaboliques.
Contexte de travail :
Le poste s’inscrit dans le projet SuPRTryP, soutenu par le PEPR BBEST, qui vise à développer des alternatives biotechnologiques durables à la synthèse chimique pétro-sourcée pour produire des métabolites à haute valeur ajoutée comme la mélatonine ou la sérotonine. Le projet repose sur l’analyse de génomes de levures, le développement de procédés de fermentation à partir de biomasses résiduelles, et un cas d’usage axé sur la valorisation des co-produits de la vigne et du vin. L’ambition est de créer une chaîne complète, de la biodiversité microbienne à la transformation de déchets en produits à valeur ajoutée, avec des méthodes transférables à d’autres filières.
La personne recrutée devra s’intégrer dans le projet en collaborant avec les ingénieurs et doctorants bioinformaticiens du projet (laboratoire IRISA, équipe Biographs/Dyliss), les membres de la plateforme bioinformatique GenOuest pour les calculs, et les partenaires biologistes et chimistes du consortium.
La personne devra aussi participer aux événements annuels du PEPR BBEST pour partager ses réalisations avec l’ensemble des projets du PEPR.
A propos du laboratoire
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www.irisa.fr
L'IRISA est aujourd'hui l'un des plus grands laboratoires de recherche français (plus de 850 personnes) dans le domaine de l'informatique et des technologies de l'information. Structuré en sept départements scientifiques, l'IRISA est un laboratoire d'excellence dont les priorités scientifiques sont la bioinformatique, la sécurité des systèmes, les nouvelles architectures logicielles, la réalité virtuelle, l'analyse des big data et l'intelligence artificielle. Tourné vers l'avenir de l'informatique et nécessairement tourné vers l'international, l'IRISA est au cœur même de l
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...
Profil recherché
Competences :
- Connaissances avancées en bioinformatique.
- Analyse de données génomiques
- Implémentation et mise à production de pipelines bioinformatiques
- Connaissances en machine learning
- Expertise en annotations structurelle et fonctionnelle de génomes.
- Expérience en environnement Linux/HPC
- Programmation (python).
- Travail avec des environnements de workflow (Galaxy).
- Connaissance sur l'analyse des voies métaboliques à partir de données génomiques.
Contraintes et risques :
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents
- Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)
Langues
- Français Seuil
Qui sommes-nous ?
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.
Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.
Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
À propos de l'offre
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
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Vacant
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Experte / Expert en biologie - SVT
