Offre de thèse en génétique – épigénétique - immunologie H/F

Sujet de thèse :
Le projet de thèse proposé se situe à la croisée de l’épigénétique, de la génétique, de la régulation génomique, de l’inactivation du chromosome X et de l’immunologie (réponse immunitaire, biais de sexe en immunologie, auto-immunité).
Les différences entre les sexes au niveau des réponses immunitaires contribuent à une protection antivirale plus forte chez les femmes, mais augmentent également leur susceptibilité à certaines maladies auto-immunes. Au-delà des hormones sexuelles, le dosage du chromosome X joue un rôle clé. Alors que l’inactivation de l’un des chromosomes X (appelée XCI, pour « inactivation du chromosome X ») égalise l’expression de la plupart des gènes liés au chromosome X dans les cellules femelles, ce processus est en réalité incomplet, permettant à 15 à 25 % des gènes du X de rester actifs. En particulier, le gène immunitaire Tlr7, codant un récepteur qui détecte les ARNs viraux mais peut favoriser une auto-immunité sévère lorsqu’il est surexprimé, échappe à l’XCI dans plusieurs cellules immunitaires femelles. Les mécanismes contrôlant l’XCI ou l’échappement de certains gènes à ce processus restent mal compris, notamment la question de savoir si les cellules immunitaires développent de manière générale un état de chromatine plus permissif sur leur chromosome X inactif.
L’objectif de ce projet de thèse est de décrire la stabilité de la chromatine et le profil transcriptomique du chromosome X inactif, ainsi que d’identifier les mécanismes régissant l’XCI ou son échappement dans les cellules immunitaires. Le projet combinera l’utilisation de différents modèles murins, de cultures de cellules primaires, d’analyses unicellulaires et à haut débit (notamment immunomarquages, hybridations in situ, cytométrie en flux, CUT&Tag, RNA-seq, Hi-C…), afin de i) définir le profil transcriptomique et épigénétique du chromosome X inactif (Xi), ii) déterminer la stabilité de l’état de la chromatine du Xi et iii) identifier les régulateurs de la chromatine impliqués dans l’échappement à l’XCI dans les macrophages alvéolaires.

Profil recherché :
Étudiant titulaire d’un Master 2 en biologie, génétique, épigénétique ou biologie moléculaire. Des connaissances en immunologie seraient un atout.

Compétences clés :
• Autonomie, souci du détail, dévouement, motivation, curiosité
• Capacités d’analyse et de synthèse
• Adaptabilité, créativité, aptitudes à la communication
• Anglais scientifique (écrit et oral)

Contexte :
Ce projet de thèse sera co-encadré par le Dr Katia Ancelin et le Dr Julie Chaumeil, au sein de l’équipe « Épigénétique et fonctions nucléaires dans les maladies humaines » (dirigée par le Dr Benoît Miotto et le Dr Julie Chaumeil), avec le soutien des autres membres de l’équipe et en étroite collaboration avec deux laboratoires situés à Toulouse et à Bordeaux. L'équipe fait partie du département « Plasticité cellulaire et reproduction » de l'Institut Cochin, l'un des plu
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