Offre de thèse H/F: Caractérisation moléculaire de régulateurs des transitions de croissance bactérienn

Sujet de thèse :
Les bactéries doivent s'adapter rapidement aux changements environnementaux pour survivre, souvent en modulant leur état de croissance en réponse. La capacité des bactéries à osciller entre des états non réplicatifs et non proliférants et des états réplicatifs proliférants joue un rôle critique dans la pathogénicité et les réponses au stress, ce qui en fait une cible privilégiée pour les stratégies antibactériennes. Cependant, les mécanismes moléculaires impliqués restent mal compris.
Nous utilisons Caulobacter crescentus comme organisme modèle de la classe des alpha-protéobactéries pour étudier l'impact de l'environnement sur la croissance bactérienne, un représentant puissant de cette classe car (i) les cellules de Caulobacter peuvent être synchronisées à l'état swarmer non réplicatif, (ii) elles connaissent à chaque cycle cellulaire, au cours de la différenciation cellulaire, une transition de croissance entre cellules non réplicatives et cellules réplicatives, et (iii) cette transition est bloquée en condition de carence.
Si les régulateurs centraux des transitions de croissance sont connus chez Caulobacter, les régulations amont qui affinent cette transition restent partiellement comprises. À partir de cribles génétiques à haut débit (Tn-seq), notre laboratoire a identifié des gènes candidats, comme des régulateurs potentiels reliant la perception environnementale à la régulation de la croissance, afin d'ajuster l'adaptation intracellulaire aux différents signaux environnementaux. Le projet de thèse consiste à caractériser ces gènes candidats en utilisant des approches de génétique (CRISPRi, construction de mutants), de biochimie (Western blot, interactions protéiques) et de biologie cellulaire (microscopie, cytométrie en flux), à évaluer leur rôle dans des conditions de stress pour finalement construire un modèle de la manière dont ils contrôlent des voies de signalisation (incluant CtrA) et modulent les transitions de croissance.
Contexte :
Le/la doctorant·e travaillera au sein de l'équipe Signalétique et Asymétrie de la cellule Bactérienne (SAB) du laboratoire MMSB (Molecular Microbiology and Structural Biochemistry, CNRS, Lyon), qui développe des approches intégrées de génétique, biologie moléculaire et imagerie pour étudier le cycle cellulaire et l'adaptation des bactéries à leur environnement. Le laboratoire dispose des équipements nécessaires aux approches prévues (microscopie à épifluorescence, ...). Un encadrement régulier (réunions d'équipe, comités de suivi de thèse annuels) sera assuré, ainsi qu'un accès aux formations de l'école doctorale.