Post doctorant (e) - H/F

Missions :
Concevoir et conduire, en autonomie scientifique et en concertation avec le responsable d’équipe, des projets de recherche sur la contribution des éléments rétrotransposables à la régulation génique et aux changements d’état cellulaire, en intégrant données transcriptomiques et épigénomiques
Activités :
• Formuler des hypothèses scientifiques, définir les stratégies d’analyse et interpréter les résultats dans leur contexte biologique.
• Analyser des données de transcriptomique et d’accessibilité de la chromatine à l’échelle de la cellule ou du noyau unique (sc/snRNA-seq, sc/snATAC-seq, multiome).
• Identifier les éléments rétrotransposables associés aux programmes cellulaires et caractériser leurs liens avec les gènes et réseaux de régulation.
• Étudier les réponses aux changements de l’environnement cellulaire, notamment à l’hypoxie et à l’activation immunitaire, ainsi que les programmes de différenciation et de neurogenèse.
• Contribuer au développement et à la validation des méthodes de quantification des rétroéléments, notamment RETROSCAPE, et intégrer des données publiques et internes.
• Développer des analyses statistiques et des workflows reproductibles ; documenter les méthodes, les données et le code.
• Définir avec les biologistes expérimentaux les validations pertinentes et intégrer leurs résultats aux analyses.
• Rédiger les manuscrits, présenter les résultats et contribuer aux demandes de financement en lien avec ses projets.

Contexte de travail :
L’équipe RETROGEN, dirigée par Manvendra Singh à l’INEM, étudie le rôle des éléments rétrotransposables dans la régulation du génome, le développement et les maladies humaines. Elle associe génomique fonctionnelle, analyses unicellulaires et multiomiques et approches computationnelles, notamment dans les systèmes immunitaire et nerveux.