Postdoctoral contract in metabolomics of metabolic diseases by UHPLC-HRMS (H/F)
Référence : UMR8199-HELDEG0-047
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
- Localisation : 59045 LILLE (France)
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
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Nature du contrat
CDD d'1 an
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels entre 3072 euros et 4439 euros Brut mensuel € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Missions :
Un poste de postdoctorant est ouvert au sein de l’unité METAB-OMICS (UMR 8199 / U1283 CNRS, INSERM, Institut Pasteur de Lille, CHU Lille, Université de Lille), dans l’équipe « Métabolome, Microbiome et Maladies Métaboliques » ainsi que sur la plateforme de métabolomique IMPACT-PM, dirigées par le Professeur Marc-Emmanuel Dumas à Lille, France.
Le/la candidat(e) retenu(e) développera des flux de travail en métabolomique basés sur la spectrométrie de masse haute résolution à haut débit (automatisation de la préparation des échantillons, optimisation des conditions chromatographiques, développement d’une base de données complète de standards) et réalisera des études métabolomiques sur des échantillons humains, cellulaires et animaux.
Il/elle contribuera à l’identification des métabolites d’origine hôte et microbienne ainsi que de leurs voies métaboliques impliquées dans les maladies métaboliques, y compris la caractérisation de leurs déterminants génomiques, métagénomiques et environnementaux.
Activités :
L’objectif est de développer des flux de travail complets en métabolomique UHPLC-HRMS à haut débit afin de profiler des biofluides et des échantillons tissulaires humains et mammifères, et de caractériser de nouvelles voies métaboliques impliquées dans les maladies métaboliques et des domaines associés.
Le/la candidat(e) retenu(e) sera chargé(e) de mettre en œuvre et d’appliquer des méthodologies pertinentes et innovantes :
• Développement de méthodes d’extraction et de séparation chromatographique pour un profilage global dans les biofluides, tissus et fèces, incluant les chromatographies en interaction hydrophile (HILIC) et en phase inverse (C18), ainsi que la spectrométrie de masse haute résolution
• Développement de méthodes de quantification isotopique ciblée
• Développement d’une base de données complète de standards chimiques
• Identification des métabolites par bioinformatique/chimiométrie à l’aide de ressources en ligne
• Identification de novo et assignation structurale de métabolites et de produits naturels
Il/elle sera responsable du traitement des données et de la diffusion scientifique des résultats (rédaction d’articles scientifiques en anglais et participation à des conférences). Le/la candidat(e) jouera également un rôle dans l’orientation du projet : développement des méthodes et de la base de données de standards, priorisation des composés pour l’identification structurale, et interprétation des résultats.
Contexte de travail :
Le/la candidat-e sélectionné-e rejoindra l’équipe “Microbiome, Métabolome et Maladies Métaboliques” à l’UMR8199/1283 METAB-OMICS (directeur: Amélie Bonnefond) dont les objectifs de recherche sont d’étudier le microbiome pour identifier des métabolites microbiens impliqués dans le cardiométabolisme et étudier leurs bioactivités dans les processus biologiques. L’unité fournit un excellent environnement intellectuel et l’infrastructure requise
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...
Profil recherché
Competences :
Le/la candidat(e) devra:
• Être titulaire d’un Doctorat en Chimie Analytique ou Biochimie avec une spécialisation en spectrométrie de masse
• Avoir une expertise en métabolomique et/ou en identification de substances naturelles par spectrométrie de masse UHPLC-MS dans des matrices telles l’urine, le plasma sanguin, fèces ou tissus
• Avoir une expertise dans le développent de méthodes chromatographiques telles que hydrophilic interaction (HILIC) and reverse phase (C18).
• Avoir une expérience avec des systèmes de spectrométrie de masse haute-résolution telle que la technologie Orbitrap (maintenance, services...).
• Avoir une expérience du prétraitement de données UHPLC-MS brutes (peak picking, alignement, conversion) et une expérience des plateformes de prétraitement telles que MS-Dial, mzMine, XC-MS...
• Avoir une expérience en identification de métabolites: i) interprétation de masses exactes (MS1) et patterns isotopiques pour l’attribution de formules moléculaires, ii) identification et/ou interprétation de spectres de fragmentation MS/MS,), iii) interprétation des réseaux moléculaires
• Avoir une connaissance des approaches de réseaux moléculaires (Molecular Networks, Feature Based Molecular Networking)et les algorithmes de similarité: ie Cosine score.
• Maitriser l'Anglais (écrit et parlé)
• Être motivé par un projet d'équipe multidisciplinaire
• Démontrer autonomie, rigueur, pensée critique, et capacité à s'intégrer au sein d'une équipe internationale
Contraintes et risques :
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents
- Spécialisation Formations générales
Langues
- Français Seuil
Qui sommes-nous ?
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.
Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.
Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
À propos de l'offre
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
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Vacant
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Chercheuse / Chercheur
