Postdoctorant H/F: Développement de méthodes d’IA pour obtenir et interpréter des paysages conformation

Missions :
MDSPACE est une méthode pionnière permettant d’obtenir les paysages conformationnels complets des complexes biomoléculaires à l’échelle atomique à partir d’images de cryo-microscopie électronique (cryo-EM). Il a été montré que MDSPACE analyse l’hétérogénéité conformationnelle dans les images de cryo-EM de manière plus exhaustive et plus fine que les méthodes classiques (classifications discrètes), et révèle des états conformationnels rares qui peuvent être difficiles à détecter dans des reconstructions 3D issues de classifications [1,2].

Ce poste de postdoctorat se concentrera principalement sur le développement d’outils d’IA afin d’accélérer MDSPACE, permettant la détermination rapide, à l’échelle atomique, des paysages conformationnels complets de grandes complexes biomoléculaires, telles que le ribosome humain 80S (~250 000 atomes) et l’ATPase humaine p97 (~37 000 atomes), liés à leurs partenaires d’interaction. Le postdoctorant participera également à l’analyse des images acquises dans le cadre du projet afin de valider les nouveaux outils, en collaboration avec des spécialistes de la cryo-EM. En outre, le postdoctorant travaillera sur le développement de nouveaux outils pour l’analyse et l’interprétation des paysages conformationnels obtenus par MDSPACE et ses extensions basées sur l’IA.

[1] Vuillemot R, Mirzaei A, Harastani M, Hamitouche I, Frechin L, Klaholz BP, Miyashita O, Tama F, Rouiller I, Jonic S. MDSPACE: Extracting Continuous Conformational Landscapes from Cryo-EM Single Particle Datasets Using 3D-to-2D Flexible Fitting based on Molecular Dynamics Simulation. J Mol Biol. 2023;435:167951. https://hal.science/hal-03929029

[2] Valimehr S, Vuillemot R, Kazemi M, Jonic S, Rouiller I. Analysis of the Conformational Landscape of the N-Domains of the AAA ATPase p97: Disentangling the Continuous Conformational Variability in Partially Symmetrical Complexes. Int J Mol Sci. 2024;25. https://hal.science/hal-04519643

Activités :
- Programmation en Python et C++
- Développement d’outils d’IA
- Développement d’outils d’analyse de données
- Analyse d’images de cryo microscopie électronique (cryo-EM)
- Collaboration avec des expérimentalistes en cryo-EM
- Communication des résultats en interne et lors de conférences scientifiques
Contexte de travail :
L'Institut de minéralogie, de physique des matériaux et de cosmochimie (IMPMC-UMR 7590, Sorbonne Université, 75005 Paris) est une unité mixte de recherche affiliée au CNRS, à Sorbonne Université et au Muséum National d'Histoire Naturelle, regroupant environ 200 membres. L’IMPMC est un laboratoire pluridisciplinaire, composé de chercheurs, enseignants-chercheurs et ingénieurs issus des disciplines différentes (physique, science de la Terre, biologie, chimie, informatique, etc.). Des thèmes de recherche expérimentale et théorique divers y sont traités tel que l'élucidation de la structure des matériaux et des assemblages macromolé
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...