Postdoctorat en chimio-informatique et chimiométrie des maladies métaboliques par UHPLC -HRMS (H/F)

Missions :
Un contrat de chercheur postdoctoral est ouvert à l’Unité METAB-OMICS, UMR 8199/1283 CNRS, INSERM, Institut Pasteur de Lille, CHU Lille, Université de Lille dans l’équipe “Métabolome, Microbiome et Maladies Métaboliques” et la plateforme de métabolomique IMPACT-PM supervisées par le Marc-Emmanuel Dumas, à Lille.
Le/la candidat(e) sélectionné(e) sera responsable du développement d’une suite chimioinformatique pour l’analyse du métabolome par spectrométrie de masse à haute résolution, en conjonction avec le génome et le métagénome.
Il/Elle contribuera au développement d’une base de données de spectres de masse de composés standards purs, et l’interfacer avec des spectres obtenus sur échantillons biologiques par le de fonctionnalités d’échantillonnage de pics, de recherche de masse, d’analyses statistique et des voies métaboliques.

Activités :
L’objectif est de développer une méthodologie chimioinformatique d’analyse de données de spectrométrie de masse en métabolomique pour l’étude du microbiome humain et caractériser son rôle dans les maladies métaboliques.
Le/La candidat/e sera responsable de la mise en place de bases de données et de l’analyse des données de spectrométrie de masse générées par l’équipe:
• gestion des flux de données chimiques
• développement de méthodologies pour l’analyse de profils métabolomiques non-ciblés
• implémentation d’analyses statistiques et chimiométriques
• implémentation d’analyses de réseaux moléculaires par le biais de GNPS
• analyses chimioinformatiques (taxonomie chimique, empreintes MACCS, similarité chimique)
• analyses multi-omiques par chimiométrie, apprentissage automatiques analyses de médiation

Il/Elle sera responsable de l’analyse des données métabolomiques ainsi que la dissémination scientifique des résultats (rédaction d’articles scientifiques en Anglais, participations à des réunions et conférences internationales). Le/la candidat(e) jouera influencera le projet : design de la suite logicielle, optimisation et comparaison, définition des priorités, interprétation des résultats.

Contexte de travail :
Le/la candidat-e sélectionné-e rejoindra l’équipe “Microbiome, Métabolome et Maladies Métaboliques” à l’UMR8199/1283 METAB-OMICS (directeur: Amélie Bonnefond) dont les objectifs de recherche sont d’étudier le microbiome pour identifier des métabolites microbiens impliqués dans le cardiométabolisme et étudier leurs bioactivités dans les processus biologiques. L’unité fournit un excellent environnement intellectuel et l’infrastructure requise pour le projet de recherche, avec un accès direct à des plateformes telles que la métabolomique par spectrométrie de masse haute résolution (IMPACT-PM), le séquençage à hauts-débits (LIGAN-PM, Équipement d’Excellence). En particulier, le/la candidat/e fera partie de l’équipe de Marc-Emmanuel Dumas. Le/la candidat/e travaillera en interaction avec des collègues au sein du groupe, de l’équipe, de l’un
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