Protocoles steward ingénieur - ingénieure pour la Smart-Microscopy (H/F)

Référence : UMR7288-AUDBAR-083

  • Fonction publique : Fonction publique de l'État
  • Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
  • Localisation : 13009 MARSEILLE 09 (France)
Domaine : Recherche
Postuler sur le site employeur

Date limite de candidature : 25/07/2026

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  • Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
  • Nature du contrat

    CDD de 2 ans
  • Expérience souhaitée Non renseigné
  • Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels De 2002.82€ à 2170.15€ bruts mensuels - La personne sera embauchée par AMU et financée sur crédits € brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
  • Catégorie Catégorie A (cadre)
  • Management Non renseigné
  • Télétravail possible Non renseigné

Vos missions en quelques mots

Missions :
La smart microscopie est un environnement émergent de pilotage dans le domaine de la microscopie. Elle permet de sortir des séquences linéaires d’acquisition en y introduisant de la conditionnalité liée à des apprentissage profonds. Ces nouveaux protocoles expérimentaux sont à créer et on ne voit pas aujourd’hui de limitations à leurs champs d’applications. Les protocoles sont donc à coder et à mutualiser pour faire grandir la pratique de la « smart microscopy ». L’ ingénieur recruté travaillera sur la mise en place d’une méthodologie commune permettant des développements de protocoles de smart microscopy en partant de la consultation des besoins émis par les équipes de recherche au sein de 4 instituts (IBDM, CIML, INMED, IMM). Un travail de compréhension de chaque problématique expérimentale sera à réaliser ( en concertation avec les ingénieurs de PICSL) et à traduire dans un nouveau schéma expérimental appelant des bibliothèques sous python dédiées au pilotage des microscopes.
Activités :
 Développer des scénarios de smart microscopy sous les différentes interfaces (OAD, JOB, inscoper...) en python
 Ponter les architectures avec des modèles de deeplearning déjà entrainés ou à fine-tuner
 Fédérer un collectif local d’usagers de la smart microscopy
 Former les utilisateurs à la smart-microscopy
 Assurer une veille technologique poussée dans le domaine de la smart microscopy et des solutions open sources

Contexte de travail :
L'IBDM situé sur le Campus de Luminy, comprend environ 220 personnes titulaires Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Ingénieurs et Techniciens et non permanents CDD, Post doc, Doctorants, stagiaires répartis sur 22 équipes de recherches et 11 plateaux techniques et services.
L'IBDM est une unité mixte de recherche sous une tutelle du CNRS et de l'AMU, qui explore le domaine de la Biologie du développement et des pathologies qui y sont associées.
La personne recrutée sera localisée sur la plateforme d’imagerie de l’IBDM, elle aura à se déplacer sur les différents sites du campus de Luminy se trouvant à proximité, ainsi qu’au campus de Joseph Aiguier et de la Timone.
La personne sera embauchée par AMU et financée sur crédits de l'Université Aix-Marseille (Fondation AMIDEX)

Profil recherché

Competences :
 Connaissances
o Connaissance en programmation python indispensable
o Connaissance des architectures de réseaux de neurones ( AutoEncoders et modèles génératifs) ainsi que des frameworks (TensorFlow, Keras, Pytorch) .
o Connaissances générales en biologie
o Connaissances générales en imagerie et de l’instrumentation type microscopie.

 Compétences opérationnelles
o Forte motivation pour réaliser développements et coder pour piloter un instrument.
o Savoir analyser les besoins, avec des éléments de langage “communs” et proposer des solutions.
o Être en mesure de présenter ses travaux (capacité de présentation orale et de rédaction).
o Capacité pédagogique requise
o Anglais Courant (oral et écrit)

Contraintes et risques :
Aucun

Niveau d'études minimum requis

  • Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents
  • Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)

Langues

  • Français Seuil

Qui sommes-nous ?

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

En savoir plus sur l'employeur

À propos de l'offre

  • Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

  • Vacant

  • Experte / Expert en expérimentation, instrumentation et techniques biologiques

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