Technicien de laboratoire médical "Développement de la Plateforme génomique AP-HP"

Les missions spécifiques portent sur la gestion opérationnelle de la plateforme de séquençage génétique à très haut débit :
1) Réception et pré-analyse des prélèvements. Conformité et enregistrement des prélèvements dans le système de gestion de laboratoire. Contrôle de la qualité des échantillons à réception. Déclaration et gestion des non-conformités et communication avec les services demandeurs. Traitement pré-analytique adapté selon le type d'analyse.
Sang total EDTA, tissu frais ou congelé, culot cellulaire → ADN génomique. Sang total, plasma → ADN tumoral circulant (ctDNA). Biopsies fraîches, culots cellulaires, tissu → ARN total (bulk RNA).
2) Extraction et contrôle qualité des acides nucléiques. Extraction d'ADN génomique. Extraction d'ARN total pour les applications bulk RNA-seq, avec contrôle de l'intégrité. Extraction d'ADN tumoral circulant à partir de plasma (cfDNA / ctDNA). Quantification et qualification des acides nucléiques (qPCR ou autres techniques).
3) Préparation de librairies et séquençage NGS. Intervenir sur l'ensemble des flux de préparation de librairies, en short read et long read, en technique manuelle et/ou automatisée : ADN génomique – Short Read (Illumina). Long Read (Oxford Nanopore / PacBio). Bulk RNA-seq – Short Read et Long Read. ADN tumoral circulant (ctDNA) – biopsie liquide.
Des missions complémentaires sont assurées dans le cadre des activités de la plateforme : Qualité et accréditation / Application stricte des procédures techniques et des modes opératoires validés (norme ISO 15189) / Participation aux évaluations internes et externes de la qualité (EEQ / CIQ). Gestion des stocks et des consommables / Suivi et gestion des stocks de réactifs, consommables et kits de librairie / Réception, vérification et rangement des commandes selon les conditions de conservation requises / Gestion des déchets et sécurité. Tri et élimination des déchets biologiques et chimiques dans le respect de la réglementation en vigueur. Application des règles d'hygiène et de sécurité (EPI : blouse, gants, lunettes, masques).Participation à la surveillance des conditions d'environnement (températures des enceintes réfrigérées). Maintenance des équipements. Enregistrement des interventions de maintenance préventive courante et signalement des dysfonctionnements. Participation à la qualification et à la requalification des instruments.