Thèse de doctorat H/F + : Génomique éco-évolutive de la faune australe antarctique française en réponse

Sujet de thèse :
Thèse de doctorat: Génomique éco-évolutive de la faune australe antarctique française en réponse au virus Influenza aviaire H5N1.

Depuis la fin de 2022, le virus influenza aviaire hautement pathogène H5N1 provoque des mortalités catastrophiques chez les oiseaux et mammifères marins. En octobre 2024, cette épizootie a atteint les Terres Australes Antarctiques Françaises (TAAF), causant des mortalités exceptionnelles chez trois espèces remarquables : l'éléphant de mer austral (Mirounga leonina), le manchot royal (Aptenodytes patagonicus) et le grand albatros (Diomedea exulans). Ces espèces font l'objet de suivis démographiques, écologiques et épidémiologiques depuis des décennies par les équipes du Centre d'Études Biologiques de Chizé (CEBC) et du Centre d'Écologie Fonctionnelle et Évolutive (CEFE), en coopération avec l'Institut polaire français Paul-Émile Victor (IPEV). Cependant elles ont été peu ou jamais été étudiées sur le plan génétique et moléculaire. L’épidémie de H5N1 dans les TAAF soulève des questions quant à l’impact démo-génétique de l’épizootie sur les populations d’oiseaux et de mammifères, les déterminants génétiques de la résilience/vulnérabilité au virus, notamment au niveau des gènes impliqués dans les réponses immunitaires, et le risque que certaines espèces puissent favoriser une préadaptation du virus à l’homme.
Cette thèse s’inscrit dans une initiative MITI Santé inter-instituts du CNRS (Écologie & Environnement – Biologie) et vise à exploiter la complémentarité entre la génomique des populations, la phylogénomique, l'évolution moléculaire et fonctionnelle, et la virologie moléculaire pour (i) caractériser l’impact de l’épizootie H5N1 sur les populations des TAAF, et (ii) identifier les déterminants génétiques des différences intra- et inter-espèces dans la vulnérabilité / résistance au virus. La thèse s’organisera en quatre volets :
1. État de la diversité génétique pré-épizootie. Établir une référence historique de la diversité génétique prédatant l'épizootie par l’analyse des génomes entiers de 20 individus par espèce. Les analyses bioinformatiques et génomiques des populations viseront à comprendre les forces évolutives ayant façonné les génomes et leur capacité à répondre à l'épizootie.
2. Impact de l'épizootie sur la santé génétique des populations. Mesurer l'évolution de la diversité et du fardeau génétique en comparant les données génétiques des populations avant (volet 1) et pendant/après l'épizootie. Pour ce faire de nouveaux génomes de ~20 individus (10 morts du H5N1 et 10 exposés mais sains) seront comparés à la cohorte historique. Cette étape visera à identifier les nouvelles signatures génétiques de sélection et modéliser la résilience des populations par la génomique des populations.
3. Différences inter-espèces de vulnérabilité/sensibilité au H5N1 - Évolution moléculaire. Analyser l'évolution moléculaire à une large échelle taxonomique de
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