Thèse PhD: caractérisation génomique et morphologique d'une symbiose planctonique H/F

Sujet de thèse :
Ce projet de doctorat porte sur l'étude de symbioses entre des hôtes planctoniques marins (Radiolaires et Dinoflagellés) et des cyanobactéries, en combinant des approches innovantes de génomique unicellulaire et d'imagerie. Le premier objectif est de caractériser la diversité des associations hôte-cyanobionte par génomique sur cellules isolées (single-cell genomics) dans différentes régions océaniques et saisons. Cette approche sera complétée par de la microscopie de fluorescence et électronique en 3D pour caractériser finement l'intégration physique des symbiotes au sein de leurs hôtes. Le deuxième objectif est d'étudier la connexion métabolique entre hôte et symbiote à l'aide d'isotopes stables (13C et 15N) couplés à l'imagerie NanoSIMS (spectrométrie de masse d'ions secondaires à l'échelle nanométrique). Enfin, le projet visera également à analyser les génomes des cyanobiontes issus de cellules isolées, en les croisant avec les données omiques existantes du projet Tara. En collaboration avec Samuel Chaffron (INS2I et FRA GOSEE), des analyses de modélisation seront entreprises pour mieux comprendre le métabolisme des cyanobionts. Dans l'ensemble, ce projet de thèse pluridisciplinaire apportera un éclairage nouveau sur la nature d'une symbiose marine énigmatique du plancton.

Compétences et connaissances attendues :
- Formation en biologie marine et/ou océanographie
- Connaissances et Intérêts pour les interactions cellulaires : symbioses mutualistes ou parasitisme
- Connaissances et expertise pour la microscopie électronique et/ou analyses génomiques (analyse génomes, séquençage moléculaire).
- Expertise en culture et physiologie des microalgues sera appréciée
- Aptitude à travailler de manière autonome dans un environnement interdisciplinaire et international (anglais courant), et d´interagir dans un groupe de recherche jeune et dynamique.


Contexte :
La thèse est financée grâce à une bourse "CNRS International" de la Mission pour les Initiatives Transverses et Interdisciplinaires (MITI). Le projet se déroulera dans l´équipe Photosymbiose (photosymbiosis.com) du laboratoire de Physiologie Cellulaire et Végétale (UMR 5168 – CNRS –CEA – Univ. Grenoble Alpes - INRAe) au sein du CEA de Grenoble, en co-supervision avec Prof Patrick Keeling (Université de British Columbia, Vancouver). En parallèle des deux laboratoires, des interactions et collaborations se feront avec les plateformes d’imagerie de Grenoble et EMBL, ainsi que le consortium Tara OCEANS et la FRA GOSEE.