CDD ingénieur d'études en biologie H/F

Missions :
Face à l’urgence du besoin en nouveaux antibiotiques, la biologie synthétique ouvre des perspectives inédites en permettant la production de composés rares ou difficiles à isoler à partir de sources naturelles. Le but du projet collaboratif est de mettre en place un cadre méthodologique pour l’intégration et l’ingénierie optimisée des clusters de gènes de biosynthèse de métabolites spécialisés (SMBGCs) dans un panel de Streptomyces super-hôtes, châssis de choix pour la biotechnologie et la découverte de médicaments.
La mission principale vise à caractériser l'expression génique en fonction de la localisation spatiale des gènes dans un panel de Streptomyces. La personne recrutée devra mettre en œuvre les tâches liées au clonage et à l’analyse de l’expression génique le long du chromosome à l’aide d’un système rapporteur synthétique (clonage de la collection de vecteurs munis de codes-barres, transfert de ces vecteurs dans Escherichia coli et Streptomyces, cultures bactériennes, extraction d’ADN et d’ARN). La personne recrutée pourra être amenée à réaliser des expériences complémentaires d’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) ou de capture de la conformation du chromosome (Hi-C, Micro-C) visant à élucider les mécanismes moléculaires impliqués dans l’expression différentielle des gènes le long du génome compartimenté des Streptomyces.
Ce travail sera réalisé en interaction avec les plateformes de l’I2BC. La personne pourra être sollicitée pour encadrer et former du personnel de l’I2BC ou des collaborateurs.

Activités :
Activités principales
• Choisir, développer et adapter les protocoles de culture de Streptomyces pour la préparation et l’analyse des échantillons biologiques dans le cadre de techniques de génomique (RNA-seq, MFA, technologies 3C, ChIP-seq)
• Conduire, en adaptant les conditions expérimentales, un ensemble de techniques de biologie moléculaire (clonages, électrophorèse, PCR, purification d’acides nucléiques, réalisation de banques pour le séquençage et du contrôle qualité associé).
• Exploiter et présenter les résultats des analyses relevant du champ de compétences de la personne recrutée (l’analyse bioinformatique détaillée des résultats étant assurée par la responsable scientifique du projet), en garantir le suivi et la qualité.
• Rédiger des rapports d’expériences ou d’études, des notes techniques, des protocoles
• Gérer et organiser les moyens techniques dans le cadre d’un projet scientifique
• Assurer l’application des principes et des règles d’hygiène et de sécurité
• Participer à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentations orales et de publications

Activités secondaires
• Mettre en place et surveiller l'application des règles d'hygiène et sécurité. Former les nouveaux arrivants dans les équipes à ces règles.
• Contribuer à la formation des étudiants sur les techniques de bases en biologie moléculaire, génomique, microbiolo
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