Chercheur.euse en épidémiologie spatiale

Les approches développées dépasseront une représentation de la proximité épidémiologique fondée sur la seule distance géographique. Elles intégreront différents mécanismes d’interaction entre populations, notamment les mouvements d’animaux entre élevages, qui peuvent créer des liens épidémiologiques étroits entre des sites éloignés. Il s’agira ainsi d’articuler des modèles décrivant la variation continue du risque dans l’espace avec des représentations dynamiques de la démographie et des réseaux de contacts entre populations hôtes.

Une attention particulière sera également portée à l’intégration de données hétérogènes issues de différents dispositifs de surveillance. La disponibilité croissante de jeux de données complémentaires offre la possibilité d’améliorer l’estimation des risques, mais soulève, au-delà de leur mise en correspondance, des enjeux méthodologiques importants liés à leurs biais spécifiques. Il s’agira notamment de développer des modèles hiérarchiques représentant explicitement le processus épidémiologique sous-jacent ainsi que les processus d’observation propres à chaque source. Ces modèles devront prendre en compte les différences de couverture, de résolution spatiale et temporelle, de sensibilité de détection, d’effort d’échantillonnage et de propension à signaler les événements sanitaires, afin de quantifier et de limiter les biais associés aux données disponibles.

Vous serez en charge de :

1. développer des cadres méthodologiques innovants permettant, d’une part, d’intégrer les dimensions spatiales et les réseaux de contacts et, d’autre part, de combiner des sources de données hétérogènes au sein de modèles représentant explicitement les processus épidémiologiques et d’observation. Pour cela, vous mobiliserez des méthodes d’inférence bayésienne ainsi que des développements récents en intelligence artificielle ;
2. développer des pipelines d’analyse reproductibles et régulièrement actualisables, permettant l’intégration de nouvelles données et la production d’indicateurs spatiaux en temps quasi réel, afin d’appuyer la priorisation de la surveillance ;
3. appliquer et évaluer ces approches sur plusieurs cas d’étude, qui pourront notamment porter sur la surveillance syndromique fondée sur les données de mortalité en élevage et dans la faune sauvage, la surveillance de l’influenza aviaire hautement pathogène chez les oiseaux sauvages et l’étude de la transmission de la tuberculose bovine en France. D’autres pathosystèmes pourront être mobilisés en fonction des opportunités scientifiques et des besoins des partenaires porteurs d’enjeux liés à la surveillance sanitaire ;
4. construire et porter un programme de recherche en épidémiologie spatiale, en développant des collaborations au sein de l’Unité et avec ses partenaires nationaux et internationaux, en valorisant les résultats par des publications scientifiques, des logiciels et des méthodes réutilisables, et en contribuant au montage de nouveaux projets et à la recherche de financements. L’objectif étant de consolider durablement cet axe méthodologique au sein du collectif de recherche.

Ces activités seront conduites en collaboration étroite avec des épidémiologistes, modélisateur.trice.s, écologues, informaticien.ne.s et acteur.trice.s des dispositifs de surveillance en santé animale. Vous bénéficierez d’une autonomie scientifique importante pour définir vos orientations méthodologiques, développer un programme de recherche et établir de nouvelles collaborations, en cohérence avec les priorités scientifiques de l’Unité.