Développeur.euse bio-informatique

Vous intégrerez l’Unité de Nutrition Humaine (environ 150 personnes) et plus spécifiquement l’équipe VaRIAe (15 personnes) dont les objectifs scientifiques sont de décrire, comprendre et prédire la variabilité inter-individuelle du métabolisme et de la réponse à l’alimentation, avec pour finalité l’amélioration de la prévention nutritionnelle des maladies cardiométaboliques et l’accompagnement d’un vieillissement en santé.Vous serez principalement impliqué.e dans le projet MASTIPROG, financé par Qualiment. Ce projet s’appuie sur un masticateur artificiel (AM2) permettant de générer des bols alimentaires dans des conditions de mastication contrôlées, ensuite caractérisés (granulométrie, biochimie, …) et utilisés dans des essais de digestion in vitro. La programmation de l’AM2 repose sur des données collectées in vivo pour chaque type d’aliment. MASTIPROG a pour objectif de faire évoluer cette méthodologie par la construction d’une base de données alimentée par les essais déjà réalisés et d’une interface permettant de l’interroger. Sur la base d’un corpus de données historiques mis à disposition par l’équipe, un outil de prédiction sera développé pour assister la programmation de l’AM2 afin de produire des bols alimentaires dans différentes conditions orales et pour divers objectifs scientifiques, en réduisant le recours aux essais in vivo ainsi que les coûts et délais associés. Votre mission principale sera de développer une base de connaissances dédiée à la mastication artificielle. Pour cela, vous intégrerez une équipe dynamique et travaillerez en étroite collaboration avec un ingénieur chargé de la conception et du développement de l’instrument, un ingénieur de recherche en bio-informatique de l'équipe ainsi qu’avec une chercheuse spécialiste en physiologie de la mastication. Vous mobiliserez vos compétences en ingénierie logicielle et en structuration des données dans un contexte d’exploitation de données au service de l’expérimentation. Vous serez plus particulièrement en charge de :- concevoir un modèle de données intégrant les différentes dimensions des jeux de données déjà collectés (propriétés aliment brut, traits santé bucco-dentaire, propriétés des bols alimentaires) ;- construire la base de données et l'API correspondante ;- construire la partie interface permettant l'interrogation et la fouille de la base ;- choisir, entrainer, implémenter et intégrer un outil de prédiction relatif à la configuration de AM2 ;- produire les documentations et examen de codes, publier les codes sur dépôt Git du projet ;- construire les pipelines de CI/CD nécessaires ;- construction et administration de l'environnement informatique hébergeant la base (Cloud UCA) ;- formation des futur.e.s utilisateur.trice.s.