Doctorant en modélisation pour la biologie (H/F)

Sujet de thèse :
La machinerie Polycomb est essentiel à la régulation de l'inhibition génique au cours de l'embryogenèse et du développement, grâce à l'action coordonnée de facteurs de transcription, d'enzymes de modification des histones et de protéines architecturales. L'apparition de plusieurs cancers du cerveau chez l'enfant a été associée à des perturbations de ce complexe, entraînant d'importantes conséquences systémiques sur la régulation génique. Bien que les molécules dont les fonctions pourraient être altérées aient été identifiées, les mécanismes par lesquels une telle altération affecte l'expression génique, tant localement qu'à l'échelle du système, restent mal compris. Ce projet vise à répondre à cette question par une approche interdisciplinaire.
En utilisant la modélisation mathématique et l'analyse de données en étroite collaboration avec des expérimentateurs, nous visons à caractériser la régulation par Polycomb dans des conditions normales et pathologiques afin de mieux comprendre la relation systémique entre le métabolisme, la machinerie Polycomb, l'organisation du génome et l'expression des gènes dans le contexte du développement neuronal. Ce travail impliquera le développement de modèles originaux couplant la physique statistique, de schémas de simulation efficaces et d'outils statistiques pour l'analyse des données expérimentales. Ce projet est une collaboration directe entre les équipes de Daniel Jost (CNRS, ENS de Lyon ; modélisation) et de Giacomo Cavalli (CNRS, IGH, Montpellier ; expérimentation).
Contexte :
Le/la candidat(e) sera encadré(e) conjointement par Daniel Jost et Cédric Vaillant à l'ENS de Lyon et Giacomo Cavalli à l'IGH. Basé(e) principalement à Lyon, il/elle se rendra régulièrement au sein du groupe de M. Cavalli afin de favoriser les échanges avec les expérimentateurs. Ce projet s'inscrit dans un effort national visant à caractériser les dysfonctionnements cellulaires dans les cancers du cerveau pédiatriques, via le consortium Cell-ID. Concrètement, l'étudiant(e) intégrera l'équipe « Biologie Physique de la Chromatine » à l'ENS de Lyon, dont les travaux portent principalement sur la compréhension des bases fondamentales de la chromatine et de la régulation des gènes par la modélisation physique et les approches computationnelles. Ce groupe est intégré au Laboratoire de Biologie et de Modélisation de la Cellule, qui vise à caractériser les bases moléculaires de l'organisation et du fonctionnement des processus cellulaires dans des conditions normales et pathologiques. Il est basé à l'École Normale Supérieure de Lyon, un établissement d'enseignement et de recherche français de premier plan.