Doctorant (H/F) en génomique statistique

Sujet de thèse :
Contexte : Le virus de la dengue (DENV), un flavivirus transmis par les moustiques, est à l’origine de la maladie arbovirale la plus répandue au monde, avec 400 millions d’infections par an et 40 % de la population mondiale exposée au risque. Son expansion géographique s’accélère, avec notamment l’apparition de cas autochtones dans le sud de la France depuis 2014 et une transmission endémique à La Réunion depuis 2018. Les manifestations cliniques vont de l’infection asymptomatique à la dengue sévère, une affection potentiellement mortelle caractérisée par une fuite plasmatique et un choc. Malgré cette variabilité, les déterminants génétiques de la gravité de la dengue restent mal compris. Les stratégies de prévention actuelles reposent sur une lutte antivectorielle inefficace et sur des vaccins tels que le Dengvaxia®, qui comportent des risques d’amplification dépendante des anticorps (ADE), ce qui limite leur utilisation chez les populations non immunisées. Alors que les facteurs génétiques de l’hôte ou du virus ont été étudiés indépendamment, les interactions entre les génomes humains et ceux du DENV — essentielles pour comprendre la pathogénicité — ont été largement négligées.
Innovation scientifique : Ce projet comble une lacune majeure dans la recherche sur les maladies infectieuses en s’appuyant sur la méthodologie pionnière « Genome-to-Genome » (G×G) mise au point par le Dr Pedergnana (Ansari et al., 2017, 2019). Contrairement aux études d’association pangénomiques (GWAS) traditionnelles, qui analysent séparément les génomes de l’hôte et de l’agent pathogène, cette approche examine simultanément des données génomiques appariées « humain-virus » afin de mettre en évidence les interactions qui déterminent l’évolution de la maladie. En intégrant la génétique évolutive, la susceptibilité de l’hôte et la virulence virale, le projet offre une vision globale de la pathogénicité de la dengue. La méthode utilise des modèles de régression qui tiennent compte de la structure de la population, permettant ainsi d’identifier des interactions génétiques spécifiques entre les génomes humains et viraux. Cette approche évite les limites des modèles animaux et fournit une compréhension directe, fondée sur les données, de la dynamique hôte-agent pathogène dans les infections naturelles.

Objectifs et hypothèse La question centrale de ce projet est la suivante : comment les interactions entre les génomes humains et ceux du DENV influencent-elles l’issue et la gravité de l’infection ? L’hypothèse est que la gravité de la dengue n’est pas déterminée uniquement par des facteurs liés à l’hôte ou au virus, mais par des interactions G×G spécifiques — par exemple, un allèle humain pourrait ne présenter un risque qu’en présence de certaines souches de DENV. Le projet vise à : identifier les interactions G×G au sein de cohortes infectées par la dengue, en se concentrant sur la fuite plasmatique, une c
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