Doctorant (H/F) Prévalence et cibles génomiques de la sélection balancée, et interactions avec les var

Sujet de thèse :
La sélection balancée désigne toute forme de sélection naturelle qui maintient la diversité génétique au sein d’une population, à l’inverse de la sélection positive et négative qui entraînent une diminution de diversité au cours du temps. Les mécanismes de sélection balancée les plus connus sont l’avantage à l’hétérozygote (la fitness des hétérozygotes est supérieure à celle des homozygotes), la sélection fréquence-dépendante (la fitness dépend de la rareté de l’allèle dans la population) et la sélection fluctuante (la fitness varie au cours du temps et/ou de l’espace). Nous ne connaissons pas encore précisément l’importance et la prévalence relative de ces mécanismes pour expliquer la diversité (phénotypique et génétique) observée dans la nature. Récemment, des études empiriques (études phénotypiques ou scans génomiques) ont suggéré que la sélection balancée a sans doute un plus grand rôle dans l’adaptation des espèces qu’estimé jusqu’ici. En effet, elle sous-tend le maintien de nombreux polymorphismes (parfois sous forme de variants structuraux) qui contrôlent des phénotypes adaptatifs complexes (comme le comportement migratoire ou les systèmes reproducteurs) dans de nombreux taxons. De multiples variants impliqués dans l’immunité, l’olfaction et la co-évolution host-parasite constituent d’autres cibles putatives de sélection balancée (opérant par des mécanismes de sélection fréquence-dépendante et de sélection fluctuante). Cependant, les signatures génomiques de la sélection balancée (e.g. augmentation de la diversité et du temps de coalescence des variants et diminution de la divergence) sont fortement sensibles aux erreurs d’alignements, qui peuvent créer des faux positifs. L’accessibilité du séquençage haute couverture en long-read dont nous bénéficions aujourd’hui présente donc une opportunité intéressante de confronter cette limite et de mieux estimer la prévalence de la sélection balancée à partir de données génomiques. En parallèle, les données long-read permettent également d’avoir accès aux variants structuraux (insertions, délétions, inversions…) et donc d’évaluer directement si ces variants sont préférentiellement ciblés par la sélection balancée, comme proposé par certaines études théoriques. Dans ce projet de thèse, nous proposons d’étudier les cibles génomiques, les mécanismes et la prévalence de la sélection balancée à l’échelle intra- et interspécifique, en nous intéressant à plusieurs taxons non-modèles. Il s'agira plus précisément i) de construire et implémenter un workflow afin de détecter la sélection balancée à partir d'une combinaison de données de séquençage short- et long-reads, ii) d'étudier les mécanismes et cibles génomiques de la sélection balancée chez des mouches du genre Coelopa, notamment en lien avec les variants structuraux, et iii) d'estimer la prévalence de la sélection balancée relativement à d’autres taxons présentant des caractéristiques
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