Doctorant(e) (H/F) en biologie moléculaire pour de développement d’aptamères inhibiteurs et de détectio

Sujet de thèse :
Les métalloprotéases matricielles (MMP) sont des acteurs majeurs du remodelage tissulaire et de la régulation de certains mécanismes biologiques. Parmi ces enzymes, la MMP12, produite et sécrétée par les macrophages, est particulièrement intéressante du fait de ses rôles multiples. En effet, en plus de son rôle canonique de protéase sécrétée médiant la dégradation de la matrice extracellulaire et de certains récepteurs de surface des cellules environnantes, la MMP12 possède également plusieurs fonctions non canoniques dites « moonlight ». Parmi ces dernières, le domaine catalytique de la protéine a été montré comme pouvant réguler l’expression des gènes de la voie NF-KB (impliqués notamment dans l’inflammation) en se liant directement à l’ADN nucléaire. Par ailleurs, le domaine hémopexine-like libre de MMP12 a été montré comme ayant des propriétés antibactériennes au niveau des lysosomes. Ainsi, non seulement la protéine MMP12 entière mais aussi ses différents domaines voient leur fonction varier selon leur état et leur localisation. Ce projet de thèse se propose d’approfondir les connaissances sur le système MMP12 et en disséquer plus en profondeur les subtilités, au travers du développement de nouveaux outils dédiés à l’imagerie et/ou à une interférence fonctionnelle ciblée.
L’objectif principal du travail de thèse sera l’identification d’aptamères (des oligonucléotides capables de reconnaissance spécifiquement des épitopes sur les protéines de manière analogue aux anticorps) spécifiques des différents domaines de la protéine (domaine catalytique, hémopexine-like, isolés ou associés). Pour ce faire, le/la candidate utilisera des approches de sélection in vitro (SELEX) pour enrichir de grandes banques d’oligonucléotides candidats en molécules capables de lier spécifiquement la protéine (ou le domaine) cible. Les banques enrichies ainsi obtenues seront ensuite criblées à très haut débit sur les plateformes de microfluidiques en gouttelettes développées par l’équipe. Cette approche double permettra l’isolement rapide et efficace de deux type d’aptamères : i) des aptamères dédiés à l’imagerie des cibles protéiques. Pour ce faire, les aptamères seront couplés à un module fluorescent développé par l’équipe. ii) Des aptamères interférents qui, en se liant fortement à la protéine en inhiberont une fonction ciblée (activité enzymatique, relocalisation intracellulaire, liaison à l’ADN suivant la fonction visée). L’utilisation combinée de ces nouveaux outils moléculaires permettra ainsi une étude plus poussée et précise de la MMP12 en conditions cellulaires.
Ce projet doctoral sera affilié à l’École Doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé de Strasbourg (ED-414) qui l’a validé. Réalisé en proche collaboration avec l’équipe de Laurent Devel (CEA) qui développera de nouveaux outils chimiques, ce projet de recherche bénéficie d’un financement de l’Agence Nationale de la Recherche (AN
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