Doctorat en Biologie des systèmes computationnelle / Bioinformatique (H/F)

Sujet de thèse :
Le projet DISCOVER ME, financé par le programme Horizon Europe, marque le lancement du premier projet européen Horizon Europe spécifiquement consacré à l’encéphalomyélite myalgique / syndrome de fatigue chronique (EM/SFC). L’EM/SFC est une maladie sévère, chronique et souvent profondément invalidante. À ce jour, son diagnostic repose exclusivement sur des critères cliniques, ce qui entraîne fréquemment de longs délais diagnostiques et impose une charge importante aux personnes concernées.
Le/La doctorant(e) travaillera sur la cartographie de la maladie EM/SFC et simulations in silico à l’aide de modèles logiques à grande échelle. Pour cela, il/elle devra :
- Développer une carte de maladie complète et computable de l’EM/SFC, fondée sur des données multi-omiques et des phénotypes cliniques, en conformité avec les standards Systems Biology Graphical Notation (SBGN).
- Réaliser des analyses intégratives multimodales de jeux de données validés, en se concentrant sur les mécanismes convergents et les interactions impliqués dans la physiopathologie de l’EM/SFC.
- Générer et prioriser de nouvelles hypothèses, fondées sur les données, concernant la causalité de la maladie et les points de levier thérapeutiques, en s’appuyant sur le cadre map-to-model.
- Modéliser l’hétérogénéité de la maladie et son évolution dans le temps, notamment les différences entre sous-groupes de patients, afin de mieux comprendre la variabilité des trajectoires cliniques et des réponses aux traitements.
La personne recrutée devra :
- Être titulaire d'un master en bioinformatique, biologie computationnelle ou domaine apparenté.
- Avoir une expérience dans l’analyse de données omiques, notamment scRNA-seq et/ou données bulk.
- Avoir une expérience en modélisation computationnelle de maladies humaines complexes : modèles à base d’agents, modèles booléens, modèles par équations différentielles ordinaires.
- Avoir des compétences en programmation : R, Python.
- Avoir de solides capacités analytiques et aptitude au travail interdisciplinaire.
- Avoir une très bonne maîtrise de l’anglais.
- Avoir la capacité à travailler dans un environnement interdisciplinaire et international.
Contexte :
Dans le cadre de DISCOVER ME, une position de doctorat est ouverte au Centre de Biologie Intégrative (CBI) à Toulouse, unité mixte CNRS – Université de Toulouse, dédiée à la biologie intégrative à différentes échelles. La personne recrutée rejoindra le pôle de Biologie des Systèmes au sein de l'UMR5077 - MCD et sera encadrée par la Prof. Anna Niarakis.

https://cbi-toulouse.fr/en/equipe/pole-de-biologie-des-systemes-en/