Doctorat (H/F) en modélisation écologique et analyse du risque : distribution des pathogènes et de l’an

Sujet de thèse :
Chaque année, 14,5 millions de tonnes de plastiques sont déversées dans les océans, affectant plus de 700 espèces aquatiques, dont 65 % des poissons sauvages et commerciaux. Les plastiques, en hébergeant à leur surface des communautés microbiennes souvent enrichies en bactéries opportunistes ou potentiellement pathogènes, peuvent servir de vecteurs pour les pathogènes et les bactéries résistantes aux antibiotiques, favorisant leur propagation et soulevant des interrogations croissantes quant aux enjeux sanitaires et de sécurité alimentaire que cela soulève. Ces enjeux sont exacerbés dans les régions en développement où l’environnement côtier reçoit des flux importants de bactéries potentiellement pathogènes (PHPB) et / ou résistantes, des antibiotiques et des plastiques issus des rejets urbains, hospitaliers et agricoles. Parallèlement, l’aquaculture intensive s'est fortement développée au cours des trois dernières décennies dans ces régions et particulièrement en Asie. Le Vietnam est devenu respectivement le 4ᵉ producteur mondial de poissons et le 1er producteur mondial de crustacés et les prédictions de la FAO montrent que la production africaine est aussi en hausse. Cette activité croissante utilise massivement les plastiques pour les infrastructures (filets, cordages, flotteurs…) et a recours à l’utilisation de centaines de tonnes d’antibiotiques chaque année pour prévenir et traiter les infections bactériennes, une pratique qui favorise l’émergence et la dissémination des résistances aux antibiotiques (AMR) dans les populations animales et humaines.
Ce projet de doctorat s’inscrit dans une approche interdisciplinaire One Health visant à comprendre le rôle des plastiques aquacoles dans la dissémination des pathogènes et des gènes de résistance aux antibiotiques en milieu côtier tropical. Plus spécifiquement, le doctorant (H/F) aura pour objectifs de:
(1) développer une approche intégrée de modélisation visant à (i) identifier les déterminants écologiques et anthropiques structurant la distribution du pathobiome et du résistome associés aux plastiques et (ii) modéliser les distributions futures du pathobiome et du résistome sous différents scénarios d'évolution de la pollution plastique et d’intensification aquacole. Pour cela, le doctorant (H/F) pourra s'appuyer sur des données originales issues de la campagne océanographique PLUME (métabarcoding, métagénomique) le long de la côte vietnamienne, ainsi que des données environnementales et anthropiques.
(2) En lien étroit avec les spécialistes en sciences sociales du projet, le doctorant (H/F) analysera les pratiques aquacoles, l’usage des antibiotiques et la perception du risque lié aux plastiques, afin de quantifier l’exposition et d’identifier les déterminants sociaux du risque.
(3) Intégrer les données biologiques et pratiques aquacoles dans une évaluation quantitative exploratoire du risque sanitaire (modélisation QMRA),
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