H/F Chercheur/Chercheuse en en biologie structurale

Missions :
Bioénergétique et Ingénierie des Protéines (UMR7281)
Equipe : « Flexibilité structurale des biomolécules en milieux complexes »
Superviseur : Alessio Bonucci

Activités :
L'objectif de ce projet de recherche est de réaliser une caractérisation structurale d'une protéine membranaire appartenant aux systèmes de sécrétion de type 2 de P. aeruginosa grâce à des expériences innovantes par résonance paramagnétique électronique (EPR). Dans un premier temps, un protocole sera mis en place concernant l'expression par des méthodes de recombinaison de l'ADN et la purification consécutive par chromatographie liquide du système étudié. Par la suite, différentes expériences EPR avec des variants marqués par spin seront menées in vitro afin de vérifier l'impact de la dynamique conformationnelle sur les fonctionnalités de la protéine. Ce type d'expériences sera finalement également réalisé dans des conditions natives au sein de cellules bactériennes (EPR in-cell) en développant un protocole innovant basé sur l'intégration de techniques de pointe d'édition génomique avec des réactions de marquage intracellulaire. Dans l'ensemble, les résultats permettront d'élucider au niveau moléculaire les changements conformationnels se produisant dans le système au cours du mécanisme de sécrétion, non seulement dans des tampons simples, mais également dans des conditions physiologiques.
Contexte de travail :
L'équipe de recherche « Flexibilité structurelle des biomolécules en milieu complexe », dirigée par le Dr Elisabetta Mileo, fait partie du laboratoire « Bioénergétique et Ingénierie des Protéines » du CNRS à Marseille. Ce groupe utilise principalement des réactions SDSL et des expériences EPR pour étudier le rôle de la flexibilité structurelle et des transitions conformationnelles sur les fonctionnalités des protéines. De plus, nous visons à développer des stratégies innovantes pour réaliser ce type d'expériences spectroscopiques non seulement in vitro, mais aussi dans des environnements cellulaires réels (EPR in-cell). Notre équipe étudie actuellement un large éventail de systèmes biologiques, allant des chaperons bactériens aux grands complexes multiprotéiques.
L'unité de recherche collabore avec différentes équipes aux niveaux national et international afin d'intégrer les résultats de l'EPR à d'autres techniques biophysiques (telles que la RMN, la cristallographie aux rayons X, la SAXS, la cryo-microscopie électronique, etc.) et/ou à des simulations computationnelles (telles que la dynamique moléculaire) afin d'élucider la relation structure-fonction de plusieurs types de protéines.