INFORMATICIEN.NE / BIO-INFORMATICIEN.NE
Référence : INRAE-OT-30585
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
- Employeur : Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement (INRAE)
- Localisation : Haute-Garonne
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
- Nature du contrat Non renseigné
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels Non renseignée Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Vous serez accueilli.e au sein de l’unité TOXALIM, le centre de recherche en toxicologie alimentaire de Toulouse, qui héberge la plateforme d’analyse AXIOM. AXIOM fait partie de METATOUL, la plateforme locale, et de METABOHUB (MTH), l’infrastructure nationale de métabolomique et de fluxomique. Lancée en 2013, MTH est une infrastructure internationale de premier plan au service de plus de 700 scientifiques à travers le monde. MetaboHUB regroupe 6 plateformes nationales comptant plus de 80 collaborateurs permanents, 16 appareils RMN, 68 spectromètres de masse, ainsi que des plateformes robotiques et informatiques. MTH a pour objectif de faire progresser la recherche dans les domaines de la métabolomique, de la lipidomique et de la fluxomique, de l'échelle de la cellule unique à celle de la population. Votre contribution sera utile à un large éventail de chercheurs dans les domaines des biotechnologies, de la santé humaine, de la nutrition et des sciences végétales. Lancée en 2007, MetaToul est une plateforme multi-institutionnelle réunissant l'INRAE, le CNRS, l'INSERM, l'INSA, l'université de Toulouse et les hôpitaux de Toulouse. Certifiée ISC et IBiSA, et reconnue par l'INRAE comme une plateforme stratégique nationale, MetaToul rassemble une cinquantaine de collaborateurs possédant une expertise en biochimie, chimie, bioinformatique, biostatistique, automatisation, spectrométrie de masse, RMN et chromatographie. Ces compétences complémentaires permettent d'étudier le métabolisme grâce à des protocoles de métabolomique, de lipidomique et de fluxomique.
L'un des objectifs de l'infrastructure MTH est la réalisation d'études métabolomiques à grande échelle. Un outil automatisé a été développé pour le prétraitement des spectres RMN 2D générés par ces études à haut débit. Cependant, l'annotation reste un goulot d'étranglement dans les études métabolomiques. Afin de rationaliser cette étape, la base de données spectrale Peakforest et des outils d'annotation automatique ont été développés au sein de MetaboHUB pour partager des spectres RMN 1D et 2D ainsi que des listes de pics. Cependant, l'alimentation de cette base de données prend beaucoup de temps et les outils d'annotation génèrent des métabolites « faux positifs ».
Le premier objectif de ce poste consiste à développer un outil automatisé permettant d'alimenter la base de données PeakForest avec des spectres RMN de composés standards, afin de faciliter l'extraction :
- des paramètres d'acquisition à partir des fichiers fournis par les fabricants,
- des listes de pics issues de séquences RMN unidimensionnelles et bidimensionnelles, obtenues à l'aide d'outils automatisés tels que celui développé.
Le deuxième objectif consiste à associer ces outils pour permettre l'annotation automatique de spectres RMN complexes à partir des spectres de composés de référence disponibles dans la base de données Peakforest. Enfin, ce poste implique de former les utilisateurs et de les accompagner dans l'utilisation de ces outils.
Plus précisément, vous serez chargé(e) de réaliser :
1. Le développement d’un outil automatisé permettant de mettre en œuvre la base de données PeakForest à partir de données RMN ;
2. La combinaison d’algorithmes pour l’annotation automatique de spectres RMN unidimensionnels et bidimensionnels ;
3. La formation et l’accompagnement des utilisateurs dans l’utilisation de ces deux outils, ainsi que la rédaction de guides destinés aux développeurs et aux utilisateurs.
Profil recherché
Formation recommandée : Ingénieur, titulaire d'un master en informatique
Connaissances souhaitées : Programmation (R, Python); Forge (Gitlab, Github); Management base de données; Anglais obligatoire
Expérience appréciée : Développeur junior à intermédiaire (au moins 1 an d'expérience souhaité, mais nous sommes disposés à former et à accompagner le candidat junior qui correspond au profil recherché)
Aptitudes recherchées : Intérêt pour la chimie analytique et la programmation VIBE
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents
Qui sommes-nous ?
NOTRE AMBITION : AGIR POUR LA VIE, L’HUMAIN, LA TERRE
Premier organisme de recherche spécialisé au monde en agriculture, alimentation et environnement, INRAE est né le 1er janvier 2020 de de la fusion entre l’INRA et IRSTEA. Nous sommes une communauté de travail de 12 000 personnes, avec plus de 200 unités de recherche et une quarantaine d’unités expérimentales implantées dans 18 centres sur toute la France.
Notre Mission ?
Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources.
Pour répondre à ces grands enjeux mondiaux, nous avons besoin de renfort dans nos équipes. Des métiers de la recherche aux métiers de l’appui, l’INRAE recrute à tout niveau de diplôme (du CAP/BEP à Bac+8) !
Rejoignez une communauté engagée et agissez pour l’intérêt général !
À propos de l'offre
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Vacant à partir du 01/01/2027
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Experte / Expert en calcul scientifique
