Ingénieur bio-informaticien en traitement de données omiques

Mission principale

Contribuer au développement et à la mise en œuvre d’approches bioinformatiques innovantes visant à caractériser les mécanismes moléculaires impliqués dans l’activation, la différenciation et la transformation maligne des lymphocytes B humains. La personne recrutée participera à l’analyse, l’intégration et l’exploitation de données de séquençage à haut débit générées au laboratoire (ainsi que de jeux de données publics), afin d’identifier de nouveaux mécanismes de régulation du génome et du transcriptome des cellules B physiologiques et pathologiques.

Activités principales

• • Développer et mettre en œuvre des pipelines d’analyse de données de séquençage (RNA-seq, long-read Nanopore, LAM-HTGTS, INDUCE-seq, direct RNA-seq, etc.)

• • Contribuer à l’analyse des données de transcriptomique afin d’identifier et caractériser des ARN codants et non codants (ARN circulaires, eRNAs, etc.)

• • Participer à l’analyse des données de séquençage visant à cartographier les cassures double brin de l’ADN et les événements de recombinaison génomique

• • Réaliser les données de séquençage longue lecture (Nanopore) pour la caractérisation de transcrits complexes et de réarrangements génomiques

• • Intégrer et réanalyser des jeux de données publics (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, etc.)

• • Assurer l’organisation, la traçabilité et la reproductibilité des analyses bioinformatiques (gestion des scripts, versions, pipelines et données)

• • Participer à l’interprétation biologique des résultats en interaction étroite avec les chercheurs et étudiants de l’équipe

• Assurer une veille scientifique et technologique dans les domaines du séquençage haut débit, des technologies longue lecture et de l’analyse de données o...