Ingénieur d'études en analyse des communautés bactériennes du bois de la vigne, et de leurs fonctions

Missions :
L’Ingénieur-e d’études recruté-e aura pour mission d’étudier les fonctions du microbiote dans le bois dégradé de la vigne (appelé amadou) et d’étudier leurs rôles dans le développement d’une maladie nommée Esca qui atteint les vignobles. Les communautés microbiennes (principalement les bactéries) colonisant le bois différents cépages en France et, si possible, à l’international seront étudiées, des approches de Next Generation Sequencing seront utilisées à cette fin. Les interactions positives ou négatives entre bactéries-champignons pathogènes cultivables seront étudiées.
Activités :
- Travaux en microbiologie pasteurienne : sélectionner, développer et adapter les protocoles de préparation et d'analyse des échantillons biologiques (i.e. le bois dégradé de vigne), pour isoler et purifier des microorganismes sur milieux sélectifs, principalement des bactéries.
- Ecologie microbienne : étudier des communautés bactériennes et des interactions bactéries-champignons (e.g. synergie, antagonisme).
- Conduire, en adaptant les conditions expérimentales, des techniques de Next Generation Sequencing.
- Exploiter et présenter des analyses, en garantissant leur suivi et qualité. Synthèse des résultats et discussion de ceux les plus pertinents avec les porteurs du projet.
- Assurer une veille scientifique et technologique dans le domaine d'activité considéré.
- Participer à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentations orales et de publications.
- Participer à la formation et l’encadrement de stagiaires de tous niveaux (L3 à M2). Travail en collaboration avec doctorants et post-doctorants.


Contexte de travail :
L’Ingénieur-e d’études intégrera l’IPREM qui est une Unité Mixte de Recherche (UMR 5254) CNRS/Université de Pau et des Pays de l’Adour, située à Pau. Cette UMR regroupe plus de 300 personnes qui s’intéressent au développement de connaissances fondamentales en physico-chimie, chimie analytique et microbiologie, dont la gestion de l’environnement. Plus précisément, l’ingénieur-e intégrera le pôle Chimie et Microbiologie de l’Environnement (CME) composés de 18 EC, 4 Chercheurs CNRS, 9 ITA/BIATSS, ainsi que de plusieurs doctorants et post-doctorants. Plusieurs personnes du pôle CME ont des compétences en interactions plantes-microorganismes, en agroécologie et en microbiologie avec pour objectif de promouvoir la protection agroécologique des cultures. Pour cela, ils s’appuient sur les régulations biologiques des organismes (dont les microorganismes), la gestion des pratiques culturales et l'utilisation des produits de biocontrôle.
Récemment, nous avons été lauréats du projet européen PRIMA dont l’acronyme est Salsa, financé par l’ANR. Un objectif majeur du projet est de trouver des solutions naturelles de protection des vignobles, via l’utilisation de microorganismes pour lutter contre une maladie dévastatrice du bois des vignes, l’Esca. Ce projet ambitieu
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