Ingénieur d’études en biocontrôle de l’Esca, une maladie du bois de la vigne - H/F

Missions :
L’Ingénieur-e d’études recruté-e aura pour mission d’étudier l’efficacité du biocontrôle microbien pour protéger les ceps de vigne contre la dégradation de leur bois par des champignons pathogènes. L’objectif est de de lutter contre le développement d’une maladie dévastatrice nommée Esca, qui atteint les vignobles en France et à l’international. Plusieurs agents de biocontrôle (BCA) : des bactéries, ainsi qu’un oomycète, Pythium oligandrum, seront utilisés pour cela. Des approches de Next Generation Sequencing seront employées pour déterminer l’influence de ces agents de biocontrôle sur les communautés microbiennes naturelles colonisant la vigne. La réponse physiologique des plantes lors de l’induction de résistance par les BCAs sera également étudiée.
Activités :
- Travaux en microbiologie pasteurienne : sélectionner, développer et adapter les protocoles de préparation et d'analyse des échantillons biologiques (i.e. racines et bois de vigne), pour isoler et purifier des agents microbiens de biocontrôle (BCA) sur milieux sélectifs.
- Ecologie microbienne : étude des communautés bactériennes colonisant le bois et la rhizosphère de la vigne, et de l’influence des BCA utilisés sur celles-ci.
- Conduire, en adaptant les conditions expérimentales, des techniques de Next Generation Sequencing.
- Appliquer des protocoles spécifiques à l’étude des interactions plantes-microorganismes (e.g. transcriptomique).
- Exploiter et présenter des analyses, en garantissant leur suivi et qualité. Synthèse des résultats et discussion de ceux les plus pertinents avec les porteurs du projet.
- Assurer une veille scientifique et technologique dans le domaine d'activité considéré.
- Participer à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentations orales et de publications.
- Participer à la formation et l’encadrement de stagiaires de tous niveaux (L3 à M2).
- Travailler en collaboration avec doctorants et post-doctorants.

Contexte de travail :
L’Ingénieur-e d’études intégrera l’IPREM qui est une Unité Mixte de Recherche (UMR 5254) CNRS/Université de Pau et des Pays de l’Adour. Cette UMR regroupe plus de 300 personnes qui s’intéressent au développement de connaissances fondamentales en physico-chimie, chimie analytique et microbiologie, dont la gestion de l’environnement. Plus précisément, l’ingénieur-e intégrera le pôle Chimie et Microbiologie de l’Environnement (CME) composé de 18 EC, 4 Chercheurs CNRS, 9 ITA/BIATSS, ainsi que de plusieurs doctorants et post-doctorants. Plusieurs personnes du pôle CME ont des compétences en interactions plantes-microorganismes, en agroécologie et en microbiologie avec pour objectif de promouvoir la protection agroécologique des cultures. Pour cela, ils s’appuient sur les régulations biologiques des organismes (dont les microorganismes), la gestion des pratiques culturales et l'utilisation des produits de biocontrôle.
Récemment, nous avons été
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