Ingénieur d'études en bioinformatique structurale et modelisation (H/F)

Missions :
Nous recrutons un ingénieur (H/F) en bioinformatique (ou biologie structurale computationnelle) pour travailler sur un projet à l’interface de la microbiologie, de la biologie structurale et de la bioinformatique. Ce projet concerne le complexe membranaire du système de sécrétion de type VI (T6SS), et vise à étudier son intégration dans l’enveloppe bactérienne ainsi que son impact sur la physiologie cellulaire.

La mission principale consistera à analyser et intégrer des données protéomiques (notamment issues de spectrométrie de masse top-down) et des prédictions structurales (AlphaFold) afin de caractériser les réseaux d’interactions protéiques impliqués dans l’assemblage et le fonctionnement du T6SS.
Activités :
- Exploitation de prédictions structurales (AlphaFold) pour caractériser les interactions protéine–protéine et les réseaux associés.
- Développement d’approches bioinformatiques pour la modélisation structurale, l’analyse de réseaux (PPIN) et le data mining à grande échelle.
- Analyses génomiques et évolutives pour explorer la conservation, la diversité et les co-évolutions des composants du T6SS et de leurs partenaires.
- Exploitation et intégration de données protéomiques (notamment AP-MS) pour identifier les partenaires d’interaction du T6SS.
- Collaboration étroite avec les équipes expérimentales pour interpréter les résultats et orienter les analyses.
- Développement de pipelines reproductibles et visualisation des résultats (figures, rapports scientifiques).
Contexte de travail :
Le travail sera effectué à l’IGS (Laboratoire Information Génomique et Structurale), en étroite collaboration avec l’équipe VN2M (Virulence Nano-Macromolecular Machinosome) du LCB (Laboratoire de Chimie Bactérienne) dans le cadre d’un projet collaboratif déjà en cours. Au sein du LCB, l’équipe « Virulence Nano-Macromolecular Machinosome » (VN2M), dirigée par Eric Durand, étudie l’architecture et le fonctionnement de la nanomachine T6SS via des approches génétiques, biochimiques et structurales. Le laboratoire dispose d’un environnement technique complet pour la production de biomasses bactériennes et la caractérisation structurale (microscopie électronique, cristallographie, etc.).
En collaboration avec l’IGS, l’ingénieur·e contribuera à des approches bioinformatiques innovantes, notamment la modélisation dynamique de complexes protéiques et l’exploration d’interactions protéine-protéine, dans un cadre stimulant et pluridisciplinaire. Le laboratoire IGS est un pionnier et un leader mondial dans l'étude des virus géants. Nous avons participé à la découverte de Mimivirus, le premier virus géants et découvert les trois autres familles connues. La force du laboratoire IGS réside dans la coexistence d'une équipe de bioinformaticiens et d'une équipe d’expérimentalistes, permettant d’aller de l'isolement de nouveaux micro-organismes à leur caractérisation complète par la combinaison d’approche i
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