Ingénieur de recherche en bio-informatique
Référence : 2026-2380510
- Fonction publique : Fonction publique de l'État
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Employeur :
Muséum National d'Histoire Naturelle (MNHN)
MNHN - Localisation : Jardin des Plantes
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- Nature de l’emploi Emploi ouvert aux titulaires et aux contractuels
- Expérience souhaitée Non renseigné
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Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels Non renseignée Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
- Catégorie Catégorie A (cadre)
- Management Non renseigné
- Télétravail possible Non renseigné
Vos missions en quelques mots
Principales responsabilités :
· Piloter le développement de suites logicielles bioinformatiques et le système de référence multimodaux et d’infrastructures de représentation des connaissances, incluant ontologies, modèles sémantiques et graphes de connaissances.
· Contribuer au pilotage de la stratégie numérique et l’architecture technique des environnements d’analyse, des services d’intégration de données et des environnements de recherche virtuels des systèmes d’information de Dynabiod.
· Participer à la supervision de la conception, le développement et le déploiement de plateformes au stade de production pour la gestion des données de biodiversité, l’analyse bioinformatique, le partage de workflows et l’intégration des connaissances.
· Veiller à ce que les développements respectent les principes FAIR, l’interopérabilité, la reproductibilité, la sécurité, la traçabilité et la maintenabilité à long terme, et s’inscrivent dans l’écosystème numérique distribué de Dynabiod piloté par l’IR Data Terra.
· Travailler avec les équipes scientifiques et les partenaires institutionnels pour traduire les besoins de recherche en services numériques utilisables et pérennes.
· Contribuer au pôle PT3 et contribuer à la coordination du programme lorsque nécessaire.
· Travailler avec l’infrastructure numérique nationale (Data Terra) pour assurer l’intégration des suites logicielles et soutenir la diffusion des variables essentielles de biodiversité.
· Constituer et encadrer une petite équipe technique composée de développeurs, de spécialistes des données et de designers UX/UI.
Profil recherché
Qualifications requises
Les candidat(e)s devront disposer de : · Un diplôme de niveau master, un diplôme d’ingénieur, ou une expérience professionnelle équivalente en informatique, bioinformatique, informatique de la biodiversité, science des données, systèmes d’information, ou dans un domaine connexe. · Une expérience significative dans la mise en œuvre de systèmes d’information scientifiques ou d’infrastructures de données de recherche. · Une expérience dans l’encadrement d’équipes techniques et la coordination de travaux avec des partenaires scientifiques ou institutionnels. · Un bilan démontré de livraison de plateformes ou services numériques fiables, documentés, évolutif et maintenables. Expertise requise
Le/la candidat(e) retenu(e) devra démontrer une expertise solide dans plusieurs des domaines suivants :
· Systèmes d’information scientifiques pour des données de recherche complexes et hétérogènes utilisant des langages, librairies, frameworks et tout autre ressources techniques et technologiques maintenables et évolutifs sur tout le cycle du système d'information.
· Architecture de données pour l’ingestion, le stockage, l’intégration, le contrôle qualité, l’analyse et la réutilisation.
· Workflows bioinformatiques ou d’informatique de la biodiversité.
· Pratiques de données FAIR, standards de métadonnées, API, entrepôts de données et mécanismes d’interopérabilité.
· Logiciels et services de plateforme au niveau de maturité d'exploitation en production.
· Intégration multimodale de données de biodiversité, incluant les données moléculaires, écologiques, de spécimens, d’occurrence, de traits, d’images, acoustiques, vidéo ou environnementales.
· Représentation des connaissances, incluant ontologies, modèles sémantiques, systèmes de référence ou graphes de connaissances.
· Spécification technique, cartographie des workflows et planification de la mise en œuvre.
· Conteneurisation de services informatiques et déploiement via une pipeline d'intégration et de déploiement continue (CI/CD) dans un environnement orchestré.
· Sécurisation des données et de systèmes d'information distribués dans des objectifs de préservation de l'intégrité des données et des systèmes, de reprise après sinistre et de continuité d'activité.
Localisation
Qui sommes-nous ?
Dans le domaine des sciences naturelles et humaines, le Muséum contribue à la production, au développement et au partage des connaissances sur la diversité géologique et biologique de la Terre, sur la diversité des cultures et des sociétés et sur l’histoire de la planète.
Venez rejoindre un établissement chargé d’histoire, engagé dans la société, en pleine évolution, à la renommée nationale et internationale. Riche d’une grande variété de métiers et d’activités, le Muséum vous propose d’intégrer des équipes à taille humaine dans un cadre de travail agréable et un environnement stimulant.
Descriptif du service
Le programme PEPR Dynabiod est une initiative de recherche nationale dédiée à la documentation, à la compréhension et à l’anticipation des dynamiques de la biodiversité terrestre durant l’Anthropocène. Il rassemble la communauté scientifique française travaillant sur la biodiversité des plantes et des invertébrés afin de produire des jeux de données de haute qualité, des outils d’analyse et des produits de connaissance au service de la recherche et de l’aide à la décision. Dynabiod nécessite une infrastructure numérique dédiée pour gérer, intégrer, analyser et partager les données et les productions issues du programme. Le/la responsable du développement bioinformatique pilotera la conception, le développement et le déploiement opérationnel des outils et services d’analyse, les cadres d’intégration des données, les environnements de recherche virtuels, les systèmes de connaissance et les outils destinés aux utilisateurs. Le poste est rattaché au pôle transverse « Données et systèmes d’information » (PT3) de Dynabiod, et contribuera à l’ensemble des groupes de travail de Dynabiod, avec la responsabilité du développement des outils scientifiques et d’un graphe de connaissances multimodal et de son intégration dans l’infrastructure numérique de Dynabiod. Cette dernière s’appuie sur une architecture distribuée permettant une intégration dans l’écosystème national des infrastructures, pilotée par l’Infrastructure de Recherche (IR) Data Terra.
À propos de l'offre
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Seules les candidatures sur le site du muséum seront prises en compte
Venez rejoindre un établissement chargé d’histoire, engagé dans la société, en pleine évolution, à la renommée nationale et internationale. Riche d’une grande variété de métiers et d’activités, le Muséum vous propose d’intégrer des équipes à taille humaine dans un cadre de travail agréable et un environnement stimulant.
Le contrat
Localisation : Jardin des plantes
Contrat : Contrat de projet
Durée du contrat : 36 mois
Temps de travail : 35h35 par semaine et 44 jours de congés annuels.
Les avantages
Remboursement de 75% des frais de transport en commun ou forfait mobilité durable (vélo ou covoiturage)
Télétravail possible après 4 mois d'ancienneté (de 1 ou 2 jours selon les fonctions, activités, service et contexte de travail)
Restaurant d'entreprise
Mutuelle d'établissement
Un comité social et une association sportive et culturelle
Accès illimité aux sites de l’établissement avec invités
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Activités clés
Le/la titulaire du poste devra :
· Mettre en œuvre ou superviser la réalisation de bout-en-bout des outils d’ingestion, de stockage, de contrôle qualité, d’analyse bioinformatique, d’intégration, d’analyse en aval et de réutilisation des données. · Contribuer à l’élaboration de la feuille de route technique de l’environnement numérique distribué de Dynabiod et de son intégration dans l’écosystème numérique national. · Intégrer l’architecture de l’environnement d’accès numérique et des services associés. · Contribuer à la planification de la gestion des données : types de données, standards, politiques de conservation, modèles de métadonnées, catalogues de données et filières d’entrepôts. · Intégrer, le cas échéant, les outils, workflows et services déjà utilisés par la communauté scientifique. · Élaborer la documentation des systèmes, services, workflows, modèles de données, API et intégrations de portail. Favoriser l’adoption par les utilisateurs via la formation, le travail sur l’ergonomie, l’écoute active et la conduite du changement.
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Vacant à partir du 01/01/2027
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Chercheuse / Chercheur
