Ingénieur de recherche en bioinformatique H/F

Missions :
Ce poste s'inscrit au sein de l'équipe de biologie computationnelle et de bioinformatique de l'IBGC (CNRS, Bordeaux), dirigée par le Dr Macha Nikolski. Nous recherchons un ingénieur qui contribuera à un projet de recherche interdisciplinaire réunissant des compétences en biologie du cancer, en immunologie, en épigénétique et en bioinformatique.
Le projet PLBIO de l’INCa intitulé « Interactions entre les cellules souches cancéreuses et les cellules myéloïdes immunosuppressives dans le carcinome hépatocellulaire » vise à comprendre comment ces populations cellulaires communiquent au sein des tumeurs hépatiques et influencent mutuellement leurs activités favorisant la croissance tumorale. Le projet combine la transcriptomique unicellulaire, l’épigénomique unicellulaire, la transcriptomique spatiale et des expériences fonctionnelles afin d’étudier la plasticité des cellules cancéreuses, l’immunosuppression et les mécanismes moléculaires sous-jacents à cette communication.
La personne recrutée analysera et intégrera ces ensembles de données afin de caractériser l’hétérogénéité cellulaire, d’identifier les niches tissulaires dans lesquelles les cellules souches cancéreuses et les cellules myéloïdes immunosuppressives interagissent, et de hiérarchiser les médiateurs candidats en vue d’une validation expérimentale.

Activités :
- Analyser des données transcriptomiques unicellulaires issues d'échantillons de carcinomes hépatocellulaires humains. Ces travaux comprendront le contrôle qualité, la normalisation, l'intégration des ensembles de données, le regroupement en clusters et l'annotation des types cellulaires, ainsi que des analyses d'expression différentielle et d'enrichissement des voies de signalisation. L'ingénieur caractérisera les états des cellules souches cancéreuses et des cellules myéloïdes, étudiera leurs trajectoires de différenciation et les signatures moléculaires associées à ces populations, et déduira les voies de communication.
- Traiter et analyser des données épigénomiques unicellulaires, en collaboration avec les spécialistes en épigénétique du projet à l’Institut Curie. Les travaux porteront principalement sur les profils scChIP-seq des marques histones actives et répressives, notamment H3K4me3 et H3K27me3, ainsi que sur leur intégration avec des données d’expression génique afin d’étudier les états de la chromatine associés à la nature de cellules souches cancéreuses et aux phénotypes des cellules myéloïdes.
- Analyser des données transcriptomiques spatiales, en particulier les ensembles de données Visium, Xenium et ATERA, et les intégrer à des données de référence unicellulaires. Les tâches consisteront notamment à évaluer la segmentation cellulaire et l'attribution des transcrits, à annoter des populations cellulaires résolues spatialement, à identifier des niches microenvironnementales, ainsi qu'à quantifier la distribution, la proximité et la colocalisation des ce
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