Ingénieur de recherche en Bioinformatique phylogénomique- PEPR DYNABIOD - Saint Martin D'HERES (H/F)

Missions :
Nous recrutons un ingénieur de recherche (H/F) en bioinformatique pour la phylogénomique. L’ingénieur devra concevoir et développer un pipeline d’analyse des données de génomique environnementale (ADNe) afin d’établir des phylogénies robustes de référence.


Activités :
La mission principale consiste à concevoir, développer, optimiser et déployer un pipeline de phylogénomique pour une utilisation standardisée au sein du consortium scientifique du PEPR Dynabiod :
• Développer le pipeline en se basant sur des outils standards (Nextflow) pour traiter des données brutes issues du séquençage (shotgun et capture de gènes, barcodes) d’échantillons variés (arthropodes et plantes, frais ou de collection, stockés en alcool ou à sec), notamment des spécimens de musées.
• Améliorer la robustesse et l’automatisation des étapes critiques, en particulier la détection d’homologie entre contigs et loci de référence.
• Valider et comparer les performances du pipeline avec des outils existants.
• Détecter des biais susceptibles d’affecter l’inférence phylogénétique.
• Faciliter la distribution et l’adoption du pipeline auprès des équipes du PEPR Dynabiod et des partenaires académiques.
• Réaliser un état de l’art du domaine : identifier les workflows existants (ex. WorkflowHub, nf-core) et les bonnes pratiques en phylogénomique, comparer les performances des pipelines pour élaborer la stratégie d’analyse.
• Développement et optimisation : définir les méthodes et leurs paramètres pour maximiser la récupération des régions phylogénétiquement informatives, favoriser la ré-utilisation de composants reconnus par la communauté (nf-core), intégrer des contrôles qualité et des métriques de performance (ex. taux de récupération, couverture).
• Accompagner les utilisateurs : les former à l’utilisation du pipeline (tutoriels) et assurer un support technique.
• Valider les résultats : collaborer avec les membres du projet pour vérifier la cohérence phylogénétique des résultats, participer à la rédaction de publications scientifiques et de rapports techniques.


Contexte de travail :
Le PEPR Dynabiod, financé par l’Agence Nationale de la Recherche via le Plan d’Investissement d’Avenir France 2023, vise à approfondir la compréhension des dynamiques de la biodiversité terrestre -plantes et invertébrés- afin de mieux la préserver. Coporté par le CNRS et le MNHN, Dynabiod fédère une communauté scientifique pluridisciplinaire mobilisant des approches innovantes (génomique environnementale, télédétection, intelligence artificielle, sciences participatives…) pour caractériser et comprendre les variations temporelles de la biodiversité, passées (grâce aux collections d’histoire naturelle), présentes (dispositifs de suivis) et futures (scénarios). Ce programme de recherche offre un cadre collaboratif d’envergure nationale impliquant de nombreux laboratoires de recherche.
L’ingénieur sera recruté par l’Institut Français de
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