Ingénieur-e bioinformatique en génomique comparative, multi-omics, et développement de méthodes pour ca

Missions :
Le projet FUNEVO (FUNctional EVOlution of mammalian innate immunity) vise à élucider l’évolution fonctionnelle de l’immunité innée des mammifères. Financé par une bourse européenne ERC Consolidator de 5 ans, FUNEVO cherche à identifier les innovations multi-échelles (génomiques, génétiques, transcriptomiques et protéiques) de l’immunité. Le projet comporte notamment un focus sur l’immunité antivirale des chauves-souris — un ordre pour lequel l’équipe dispose de données multi-omiques et de nouveaux modèles cellulaires et virologiques. Les chauves-souris constituent en effet un modèle clé : Elles sont porteuses de nombreux virus, souvent sans développer de symptômes, et certains sont à l’origine de zoonoses. Les chauves-souris présentent aussi des adaptations génomiques remarquables aux interfaces virus-hôtes.
Afin de comprendre le rôle des duplications/pertes de gènes et des réarrangements de domaines protéiques (recombinaisons) dans la diversification du système immunitaire, notamment face aux virus pathogènes, le projet FUNEVO consiste à :
• Intégrer la génomique et la biologie de l’évolution pour caractériser les innovations de l’immunité innée ;
• Identifier les réarrangements de domaines et leurs conséquences fonctionnelles ;
• Tester expérimentalement les activités cellulaires et antivirales associées.
Missions : Concevoir et développer des pipelines bioinformatiques ; Analyser les résultats ; Caractériser l’évolution génomique, transcriptomique et protéique de l’immunité innée chez les mammifères.
Activités :
L’ingénieur-e de recherche occupera une place centrale dans le projet FUNEVO, en lien direct avec les axes scientifiques et expérimentaux de l’équipe. Il/elle travaillera en étroite collaboration avec les autres membres du projet, tant bioinformaticien-nes qu’expérimentalistes (virologistes, biologistes cellulaires). L’encadrement sera assuré par Lucie ETIENNE, directrice de recherche et co-responsable de l’équipe LP2L/HIVE, ainsi que Carine REY, experte en bioinformatique et génomique comparative, et responsable de la plateforme bioinformatique et biostatistique BIBS du CIRI.
Activités principales :
• Développer des méthodes et pipelines bioinformatiques robustes et reproductibles pour identifier et caractériser les innovations multi-échelles (génomiques, génétiques, transcriptomiques et protéiques) de l’immunité innée des mammifères ;
• Collaborer avec les membres de l’équipe (bioinformaticien-nes, virologistes, biologistes cellulaires) sur l’analyse comparative et phylogénétique des gènes d’immunité, en se focalisant sur les duplications/pertes de gènes et les réorganisations de domaines protéiques (notamment grace aux méthodes de prédiction de structures protéiques par IA) ;
• Apporter un soutien méthodologique aux analyses bioinformatiques de l’équipe ;
• Assurer une veille méthodologique active et évaluer les outils et méthodes publiés
• Contribuer à la rédaction d’
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